在PCA中涉及到了方差var和协方差cov，下面详细了解这两个函数的用法。numpy中var和cov函数求法和MATLAB中var和cov函数求法类似。
首先均值，样本方差，样本协方差公式分别为
其中样本方差公式中为什么除的n-1而不是n，样本协方差同样除的是n-1而不是n，请看此处：http://blog.csdn.net/maoersong/article/details/21819957，如果除的是n，那么求的方差就不是随机抽取变量组成样本的方差，而是整个空间的方差。
下面就介绍MATLAB中var和cov函数的用法
以下内容转载出处：http://blog.sina.com.cn/s/blog_9e67285801010twv.html
函数名称：cov
函数功能： 求协方差矩阵
函数用法： cov(X) % cov(X,0) = cov(X)
cov(X,Y) % X,Y必须是各维数都相同的矩阵
cov(X,1) % 除以N而不是N-1
cov(X,Y,1) % 除以N而不是N-1
详细描述：
......................................................................
if X is a vector向量，cov(X)输出的是这个向量的方差
例：
>> A = [4 1 3];
>> AA = cov(A)
AA =
2.3333
>> a = mean(A)
a =
2.6667
>> AAA = 1/3*((4-a)^2+(1-a)^2+(3-a)^2)
AAA =
1.5556
>> AAAA= 1/2*((4-a)^2+(1-a)^2+(3-a)^2) %同样，这个方差不是真正意义的方差，而是对样本统计方差的一个无偏估计值
AAAA =
2.3333
..............................................................................
对于矩阵来说，matlab把每行看做一个观察值，把每列当做一个变量，也就是说对于一个4*3的矩阵求协方差矩阵，matlab会认为存在三个变量，即会求出一个3*3的协方差矩阵。
其中，对角线元素为对应变量的方差无偏估计值，其他位置为对应变量间的 协方差无偏估计值（即除的是N-1）
.......................................................................
例1：
>> X = [1 5 6; 4 3 9 ; 4 2 9; 4 7 2]
X =
1 5 6
4 3 9
4 2 9
4 7 2
>> Y = cov(X)
Y =
2.2500 -0.7500 0.5000
-0.7500 4.9167 -7.1667
0.5000 -7.1667 11.0000
为探究过程，以Y(1,1)和Y（1,2）为例进行验证
>> x=X(:,1);
>> sum((x-3.25).^2)/3
ans =
2.2500
>> y = X (:,2);
>> aa = x'*y/3
aa =
-0.7500
......................................................
对于cov(X,Y)
X、Y必须是各维数都相等的矩阵，其功能是把X中所有元素看做一个变量的样本，Y中所有元素看做另外一个变量的样本，把矩阵中每个对应位置看做一个联合观察值
函数实现的是求出两个变量的协方差矩阵
例2：
>> X
X =
1 5 6
4 3 9
4 2 9
4 7 2
>> Y = [1 6 7; 7 5 9 ; 1 6 4 ; 2 9 2]
Y =
1 6 7
7 5 9
1 6 4
2 9 2
>> cov(X,Y)
ans =
6.9697 4.4242
4.4242 8.4470
现在用（1,1）和（1,2）位置验证
>> sum(sum((X-mean(mean(X))).^2))/11 %把X中每个元素都看做一个变量的样本，求其方差的无偏估计值
ans =
6.9697
>> sum(sum((X-mean(mean(X))).*(Y-mean(mean(Y)))))/11 %把X、Y矩阵对应位置元素看做一个联合样本，根据公式E[(X-EX)*(Y-EY)]求协方差
ans =
4.4242
.....................................................................................
cov(X,1) 和 cov(X,Y,1) 与之前的求解过程一致，不同的是，其求出的是协方差，而不是样本的协方差无偏估计值，即其除以的是N 而不是N-1
例3：
>> cov(X,1)
ans =
1.6875 -0.5625 0.3750
-0.5625 3.6875 -5.3750
0.3750 -5.3750 8.2500
>> x=X(:,1);
sum((x-3.25).^2)/4 %不同之处
ans =
1.6875
>> y = X (:,2);
>> y = y - 4.25;
>> aa = x'*y/4 %不同之处
aa =
-0.5625
例4：
X =
1 5 6
4 3 9
4 2 9
4 7 2
>> Y = [1 6 7; 7 5 9 ; 1 6 4 ; 2 9 2]
Y =
1 6 7
7 5 9
1 6 4
2 9 2
>> cov(X,Y)
ans =
6.9697 4.4242
4.4242 8.4470
>> a =cov(X,Y,1)
a =
6.3889 4.0556
4.0556 7.7431
>> a.*12/11 %看出来了吧
ans =
6.9697 4.4242
4.4242 8.4470