1. window=100k,step=2k 统计每个window的snp密度,然后用mixtools的normalmixEM(两个组分的混合模型)统计snp的分布模式。

R command:

library(mixtools)

SNPdensity=read.table("snp.density.file")

mixmdl=normalmixEM(SNPdensity)

plot(mixmdl,which=2)

mixmdl$mu  mixmdl$sigma  mixmdl$lambda

04-28 15:23