因为当你创建一个虚拟环境的时候，一些软链接创建到原来的python上。
当用Homebrew更新python后，原来软连接对应的python已经不存在了。
因此需要把软链接指向新的python。
解决方法是移除原来虚拟环境里的软连接，然后重新创建：
find ~/.virtualenvs/my-virtual-env/ -type l -delete # 找到旧链接并删除
virtualenv ~/.virtualenvs/my-virtual-env # 创建新链接
我的问题解决了。
此回答来自stackoverflow : stackoverflow