perl 利用管道读取压缩文件内容

perl的文件句柄不仅支持普通文件， 还支持管道，今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数，而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的，所以

需要读取压缩文件中的内容，代码如下：

my ($fastq) = @ARGV:

my ($reads, $bases) = cal_sequence_info($fastq);

print qq{$reads\t$bases\n};

sub cal_sequence_info {

    my $fastq = shift;

    my $file_handle =   $fastq =~ /gz$/ ? qq{$fastq} : qq{gzip -dc $fastq |};

    open FASTQ, $file_handle or die "Can't open $fastq\n";

    my ($reads, $bases);

    while (my $readid = <FASTQ>) {

        my $quality   = <FASTQ>;

        my $comment   = <FASTQ>;

        my $sequence  = <FASTQ>;

        chomp($sequence);

        $reads++;

        $bases += length $sequence;

    }

    close FASTQ;

    return ($reads, $bases);

}

直接利用linux中的管道， 这样可以方便的读取压缩文件中的内容