参考：KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信
学习一个技能最主要的事情你必须知道，那就是能通过它来做什么？
- KEGG数据库里面有什么？
- 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis?
- 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate?
- 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应?
- 如何查询某一基因的信息,例如gltA ?
- 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA?
- 如何查询 gltA在其他物种中的同源基因?
- 如何列出某一代谢途径中涉及的所有的酶？例如cytrate cycle pathway（TCA循环）
- 如何知道人类的cytrate cycle中pyruvate carboxylase这种酶有多少化合物与其发生相互作用？
- 如何查询人类由Citrate生成Acetyl-CoA的可能步骤？
- 有一条未知的序列，如何查询KEGG数据库中是否有基因或酶与其对应?
生物信息的最上游就是测序，测序直接得到的就是序列信息，然后通过组装就可以得到基因组或转录组信息，接下来就会得到基因的信息，以及基因表达的信息。
那么，我们知道了测出来的物种中的某个基因的序列，及其在转录中的表达情况，我们如何确定该基因的功能呢？ 百度 知乎
这种思路是不对的，基本没有人挨个去研究验证计算机得到的基因，因为太漫无目的，没人有那么多金钱精力。
现实的是，我对某个重要的现象感兴趣（意义重大，好发文章），然后控制该现象最主要的基因，去发现基因的功能，这才是可行的套路。
所以一般是先有表型再去找基因，也就是所谓的正向遗传学。当然你也可以用反向遗传学，挨个敲掉基因看有没有你要的表型。因为科学家一般只关注自己感兴趣的基因，所以不会出现你说的那种情况，就是不会追着一个基因非要知道它的功能，而是有目的地找他所关心的基因。
基因功能定位这个很复杂，可以专门开一篇文章了，暂且到此。
假设我们现在有了基因序列及其功能，我们接下来也会知道该基因合成了哪些蛋白，参与了哪些化学反应。
代谢是细胞内各种化学反应的总称，一个代谢途径包括代谢的前提、产物和酶。
正文
KEGG就是用来查询代谢途径、酶、酶编码基因和代谢物的，此外还有GenMAPP、BioRag等同类型数据库。
KEGG还可以通过BLAST来查询未知序列的代谢途径信息，主要就是同源比对，找相似信息吧。
KEGG网站的逻辑框架：（问题1：KEGG数据库里面有什么？）
目前KEGG太大了，所以拆成了很多子数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。
PATHWAY数据库的使用
点击进入后会发现KEGG收录了如下代谢途径：
在 KEGG PATHWAY 数据库中，将生物代谢通路划分为 6 类，分别为：细胞过程（Cellular Processes）、环境信息处理（Environmental Information Processing）、遗传信息处理（Genetic Information Processing）、人类疾病（Human Diseases）、新陈代谢（Metabolism）、生物体系统（Organismal Systems），其中每类又被系统分类为二、三、四层。第二层目前包括有 43 种子 pathway；第三层即为其代谢通路图；第四层为每个代谢通路图的具体注释信息。
问题2：如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis?
可以直接在首页上搜索Glycolysis / Gluconeogenesis，也可以点击Carbohydrate Metabolism中的Glycolysis / Gluconeogenesis
怎么看懂代谢途径图：
还可以选择相对应的物种，如Homo Sapiens(human)。
还可以点进去了解指定酶的详细信息
以ko04151为例：
ORTHOLOGY 数据库的使用
在 KEGG ORTHOLOGY（直系同源） 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起，称为 Ortholog Groups (KO entries)，每个 KO 包含多个基因信息，并在一至多个 pathway 中发挥作用。
LIGAND数据库的使用
GENES数据库的使用
KO数据库的使用
LinkDB的使用
PathComp的使用
BLAST的使用
代谢通路可视化
使用 pathview, KEGGREST和KEGGgraphR包绘制