最近博客更不起来...然后又(照例)犯鼻炎了唉难受。

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我们首先可以预处理碱基间的权值表。然后讲读入的碱基转化为数字,就变成了“数字匹配使权值最大”的问题。我们显然可以用动态规划解决。

两个序列配对上的dp状态设计相似,以前做过一道编辑距离也是类似配对的问题。

设f[i][j]表示第一个基因当前位置到了第i个碱基,第二个基因当前位置到了第j个碱基所能得到的最大相似度。

转移:lena*lenb 而且和状态也没有什么地方可以优化了。

决策:我们可以在每一次转移的时候有3种决策:

                      A串留空/B串留空/AB恰好匹配

预处理:当一个串与另一个(完全)空的串匹配时显然只有一种情况,所有状态开始由他转移而来。

     for(int i=;i<=lenb;i++) f[][i]=f[][i-]+w[b[i]][];
for(int i=;i<=lena;i++) f[i][]=f[i-][]+w[a[i]][];

然鹅...在这被坑了,由于有负数的权值,还要再赋一个负无穷的初值,以及f[0][0]=0!!!

Code

 #include<iostream>
#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm> using namespace std; int lena,lenb;
int w[][];
int a[],b[],f[][];
char A[],B[]; void init()
{
for(int i=;i<=;i++) w[i][i]=;
w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=-;
w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=-;
w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=w[][]=-;
w[][]=w[][]=-;
}
int main()
{
init();
/*for(int i=1;i<=5;i++)
{
for(int j=1;j<=5;j++)
printf("%d ",w[i][j]);
printf("\n");
}*/ scanf("%d",&lena);
scanf("%s",A+);
for(int i=;i<=lena;i++)
{
if(A[i]=='A') a[i]=;
if(A[i]=='C') a[i]=;
if(A[i]=='G') a[i]=;
if(A[i]=='T') a[i]=;
}
scanf("%d",&lenb);
scanf("%s",B+);
for(int i=;i<=lenb;i++)
{
if(B[i]=='A') b[i]=;
if(B[i]=='C') b[i]=;
if(B[i]=='G') b[i]=;
if(B[i]=='T') b[i]=;
}
memset(f,,sizeof(f));
f[][]=;
for(int i=;i<=lenb;i++) f[][i]=f[][i-]+w[b[i]][];
/* for(int i=1;i<=lenb;i++)
printf("%d ",f[0][i]);*/
for(int i=;i<=lena;i++) f[i][]=f[i-][]+w[a[i]][];
for(int i=;i<=lena;i++)
for(int j=;j<=lenb;j++)
{
f[i][j]=max(f[i][j],f[i-][j]+w[a[i]][]);
f[i][j]=max(f[i][j],f[i][j-]+w[b[j]][]);
f[i][j]=max(f[i][j],f[i-][j-]+w[a[i]][b[j]]);
}
printf("%d",f[lena][lenb]);
return ;
}
05-26 08:01