TV游戏产业历史上曾有过太多表里不一的外交辞令，然而当年SQUARE和任天堂分道扬镳的真正原因确实如坂口博信在1996年2月29日的PS版 《FFVII》发表会上宣称的那样:“虽然之前有过紧密的合作，游戏制作理念的南辕北辙致使我们不得不与任天堂诀别……”任天堂绝对不可能忽略当时 SQUARE在游戏业界举足轻重的影响力，为笼络人心破天荒第一次提供自社的金牌游戏角色共同开发《超级马里奥RPG》，同时联合出资成立N64专用软件 发行和销售的流通会社，任天堂许诺未来与SQUARE分享独占市场的巨大利益。但是1995财务年度数款对应SFC平台超大作的销售不振让SQUARE清 醒认识到使用卡带媒体存在的种种弊端，性能优越的索尼PS平台成为适合其未来发展的最终选择，采用CD-ROM载体可以充分满足播放CG MOVIE的需求，SQUARE的游戏开发者无须再为压缩容量费劲心机。横井军平这个伯乐在任天堂社内突然失势，也使得两社间最至关重要的沟通渠道完全断绝。
第三方软件开发商的离反并非始于SQUARE的倒戈，PS版《FFVII》的发表不过是起到了催化剂的效果，除了对任天堂独占市场的霸道作风不满以 外，另一个心照不宣的重要因素就是N64无法在1995年末如期发售，甚至有传闻发售日会大幅押后整整一年。N64的开发计划确实遇到了重重困难，高性能 64位CPU R4000的制造价格非常昂贵，竹田玄洋领军的第三开发部为了压缩硬件成本绞尽脑汁，但是直到1994年夏天依然没有找到具备足够数据传输能力的显存。或 许正是机缘巧合，竹田玄洋偶然出席了在东京都举办的一次电脑硬件展览会，一家名为RAMBUS的北美小公司展示的独特显存技术引起了他的浓厚兴趣， RAMBUS的RDRAM显存拥有着着超高速存取数据的特性，虽然当时还存在着制造工艺问题，但4MB容量对于N64已经足够。竹田玄洋还独创性地将显存 设计成可以替换式样，一旦未来制造成本下降，可以通过增加显存提升硬件处理能力。任天堂在N64对应游戏软件制作上遇到的麻烦也丝毫不亚于硬件开发，情报 开发部过去曾经创造过众多足以堪称不朽的作品，但为追求全三维效果的N64开发游戏对他们来说就意味着要彻底摒弃2D时代积累的那些宝贵技术结晶。宫本茂 反复向同僚们指出:“我们需要制作的是过去别人从来没有制作过的东西!” 《超级马里奥64》(《SUPER MARIO 64》)集结了情报开发部70%以上的核心成员，甚至第一开发部和NOA也派出援军参与后期制作，如此大规模开发团队在任天堂建社以来也是绝无仅有的，这 部作品仅纯开发费用就高达4000万美元，同样为任天堂至今为止单款游戏的最高预算。仅仅64Mb的卡带容量，却需要装载下一个宏大逼真的全三维世界，宫 本茂团队为此竭尽了全力，但结果开发周期还是多次延期。宫本茂认为N64游戏实现本质进化并不仅限于画面效果，更重要的还是操作方式的彻底改变，为此他亲 自会同设计人员用黏土反复研究和修改各种手柄造型，最终确定了后来的三叉戟式样，首次使用类比摇杆的N64手柄不但可以充分实现360度全方位移动，背部 增加的Z键也提供了更多的全新操作概念，这几乎可以算得上是为《超级马里奥64》所度身订造的。1995年11月15日举办的任天堂初心会上《超级马里奥 64》首次揭开了神秘的面纱，这部作品的优秀程度远远超过了所有到访者的想象，完全3D的箱庭世界里大胡子马里奥以每秒60帧的图像切换速度纵横自在的奔 跑、飞行、游泳，动作的流畅和逼真程度令人瞠目结舌，其对存在感的强调是过去所有类似作品都无法比拟的。虽然在预展中未能尽窥全豹，但游戏中设置的大量各 异其趣的关卡设计让在场者为丰富的内涵所彻底倾倒。更令人震惊的是这样一个出色游戏的卡带容量仅64Mb，人们不得不为任天堂的技术力所折服。山内溥社长 在演讲中自信地宣称:“N64将改变游戏!”在这个1995年末最重要的游戏展会上，任天堂正式确定N64将定于1996年4月21日发售，山内溥还公开 宣称著名制作人崛井雄二已经承诺在N64平台推出《DQ》系列最新作，对SQUARE的动向则讳莫如深。
《日本经济新闻》在《FFVII》发表会前一个月已经对外披露了SQUARE正式参入PS阵营的消息，但无论任天堂、SQUARE或索尼都没有对此发 表任何公开评论，彼此心照不宣地为即将到来的大博弈做最后的努力，山内溥把制胜的砝码押在了和SQUARE知名度旗鼓相当的ENIX。并称日本RPG双璧 的两社，背里却充满了竞争意识，1994年初坂口博信成功说服了ENIX王牌制作人崛井雄二出马负责SFC超大作RPG《超时空之轮》的剧本创作，虽然崛 井不过写了不满一张A4纸的故事梗概，这个异常动向已经足够引起ENIX社长福岛康博的高度神经紧张，福岛在闻讯当日便提升崛井为取缔役常务董事。对于任 天堂的极力拉拢，福岛康博也颇有意借此与SQUARE决一雌雄，几乎在SQUARE宣布参入索尼同一时刻，ENIX也针锋相对地公开了对应N64第一弹作 品《J计划2》，但在外界的眼中，ENIX谨慎参入N64所造成的市场反响远不如SQUARE进军PS那么具有震撼力。和当时第三方软件厂商纷纷宣布加盟 PS阵营的盛况相对照，截止四月间日本仅有8家会社与任天堂达成了参入N64的意向，其中SETA计划与主机同时推出《最强羽生将棋》是唯一一款确定发售 日期的游戏。HUDSON和KONAMI是其中比较知名的大手企业，HUDSON的取缔役常务董事大里幸夫在接受媒体采访，不吝词色地赞美N64的开发环 境优越如同小麦粉，所谓“小麦粉”一说是指像揉捏湿面团一般随心所欲地加工成饺子或面饼等任意的点心，或许HUDSON当时尚未进入实质开发阶段，大里氏 仅从《超级马里奥64》的惊人画面进行臆测，事实此后HUDSON在N64平台并没有制作出什么惊世骸俗的杰作，“小麦粉”不辄成为业界的笑柄。 KONAMI大坂分社一口气发表了三款对应N64的游戏，其中横版ACT名作的3D化续篇《大盗伍佑卫门-未来桃山幕府物语》的制作组在开发中途全体移籍 SQUARE(后来的《武藏传》开发团队)，致使这款计划1996年夏发售的游戏几乎延期了一年。鉴于极端不利的外部舆论环境，任天堂不得不如许多人所预 料的那样以半导体供应不足为借口宣布将N64正式发售日再度押后至6月21日。6月23日(实际6月21日即开始公开销售)，N64终于在日本本土发售， 凭借着任天堂强大的市场号召力，这款多灾多难的话题主机在不到10天里就销售50万台以上，比当初PS和SS的普及速度快了一倍以上，但是此后两个月里仅 推出了《水上摩托艇64》一款游戏，空前的软件饥渴导致硬件销量随之开始出现停滞，很快被大作叠出的PS遥遥领先。《FAMI通》杂志给予了N64首发唯一的主力软件《超级马里奥64》39分 的超高评价，主编浜村通信由衷赞叹道:“除了游戏中镜头切换的些微瑕疵，这部作品几乎就是无懈可击的……” 《超级马里奥64》提供了全新的3D游戏概念，无论空间感还是操作性均达到了前所未有地高度，不过任天堂必须承受变革带来的阵痛，德间书店出版的任天堂游 戏情报志的读者调查获悉约34%的玩家对全面3D化感到质疑，不少人希望维持过去的创作风格。《超级马里奥64》在日本本土的最终销量超过了160万份， 比较起过去历代作品确实减少了许多，除却硬件普及量的因素，消费者部分流失也是不争的事实。对照《超级马里奥64》在海外的受欢迎程度，日本玩家的保守显 而易见。
即使以局外人的角度来评价1996年8月中旬时点的任天堂，大概所有人都会做出“山穷水尽”的结论，全新主力商品N64严重滞销，SFC和GB市场又 处于极度收缩死亡途中，核心技术者横井军平的突然退社更形同釜底抽薪，任天堂股票狂跌到不足每股8000日元，几乎大部分的证券分析师都向发出投资者发出 了警戒信号。昔日TV游戏业界的霸主，此时却沦落到了众叛亲离的凄凉境地，即使是一位加盟N64的第三方社长也在接受《FAMI通》专访时肆无忌惮的调侃 说参入原因不过是因为看到任天堂京都本社门前的草地过于青翠，以此讽刺其门庭冷落的景象。事实上在社内围绕着横井军平展开的内讧也严重削弱了任天堂的软件 开发实力，横井出走以后，原统属的第一开发部遭到了清算，几乎所有开发项目都被终止计划，大量属员调派充实其他部门，该部门最少时仅剩下不足10名员工空 守躯壳。清算也不可避免的波及有“影之第一开发部”之称的INTELLIGENT SYSTEMS，该社对应SFC平台的S-RPG超大作《火焰之纹章-圣战的系谱》被中途砍去一半预算，令制作人加贺昭三大感不快，根据某任天堂系情报专 门志对《圣战的系谱》的制作成员访谈中获悉该系列的N64版已经在酝酿中，然而直到N64主机淡出历史舞台，《火焰之纹章64》却成为永远无法实现的传 说。宫本茂还收回了SFC最卖座游戏《马里奥赛车》的开发权，转由情报开发部接手制作N64版续篇，部分原核心制作成员被整合入情开。N64时代是任天堂 充分展现自身开发实力的时代，N64时代的辉煌实际由情报开发部和RARE所共同缔造，昔日曾经创造过大批名作的第一开发部和IS社居然毫无作为，实在不 能不令人唏嘘感叹。莫名的冷遇让许多原横井军平属下感到极度郁闷和痛苦，当时日本游戏业某些知名人士共同酝酿发行了一本业界评论刊物《游戏批评》，该媒体 以专业和立场客观获得资深人士的广泛认可，包括田尻智等许多著名制作人都曾为该刊物实名或匿名撰稿。1997年出版的某期中一位自称横井军平亲信属下的无 名氏作者发表的文章引起了轩然大波，文章中对宫本茂的品格进行了影射攻击，甚至宣称宫本的游戏设计创意大多抄袭自横井军平，该文的大量详实细节令读者们确 信撰文者系任天堂资深员工。据说任天堂对无名氏事件展开了内部排查，结果发现作者竟然是和宫本茂同时入社的坂本贺勇，曾主创过《银河战士》系列的坂本氏遭 到了严厉制裁，他直到1998年才得以重新回归开发现场。
似乎应验了否极泰来的哲理，任天堂的社运在崩溃前夕出现了转机。NOA(任天堂北美分社)社长荒川实并不懂游戏，但他是一个与生俱来的商业奇才，为人 作派也与岳父山内溥的严厉苛刻截然不同，即使多年的商业竞争对手也对他谦谦君子的儒雅风度赞许有加，然而荒川对于商业经营决策的机敏果敢却同样令人钦佩。 荒川实在1996年初对业界大势进行评估，确定索尼PS将是未来主要的竞争对手，认为N64的64位高性能是向消费者宣传的重点所在，为了集中经营资源， 他断然决定终止完成度已经相当高的SFC版《星际火狐2》等游戏开发，全面转换经营核心。1996年5月15-16日在洛杉矶会展中心召开的E3大会，任 天堂耗资400万美元布置的豪华展位成为万众瞩目的焦点，数十台N64试玩机前挤满了等候体验的人群，《超级马里奥64》为代表的出展软件获得一致好评， 荒川实亲自在会场一角的接待室向来访的商家介绍新商品的详细情况。虽然N64出展获得圆满成功，但是市场压力依然非常沉重，SCEA在E3会场正式宣布将 PS降价到199美元，同时公布了《古墓丽影》和《蛊惑狼》等大批强力新作，荒川实断言如果坚持N64原先预定的250美元价格将在未来商战中处于不利境 地，必须将价格调整到PS同等水平才能确保成功，为此NOA和任天堂日本总部发生了意见分歧，荒川几度亲自飞回京都和山内溥反复争论磋商，终于达到了预期 目的。9月中旬，正式价格为199美元的N64在全美上市，仅仅不到两周时间就突破百万销量，各地都出现了严重缺货现象，为了及时补充货源，任天堂不惜代 价包租大型商用货机日夜从日本本土运输N64主机，该主机在1996年末3个多月时间内在北美就达到了330万台出货量，一举超越了早发售足足一年的 PS，从而确立了长期优势地位。RARE原先不过是英国乡间一家名不见经传的小型游戏开发工作室，在荒川实的大力提携下这家公司迅速成长为任天堂在N64 时代最重要的第二方合作伙伴，该社1997年7月31日推出的3D FPS不朽名作《007-黄金眼》在欧美地区引发了长达两年多的流行热潮，仅美国一地的累计销量就突破了500万份。针对N64软件开发困难的不利弊端， 荒川实针对性地鼓吹大作至上主义，通过不惜血本的广告宣传把消费者的视线聚焦在数量有限的一些大作游戏，因此取得了非常成功的市场反响。多年后一位美国第 三方软件厂商的高层曾经如此说:“N64是任天堂给合作者出的有史以来最大一道难题，卡带容量等许多问题都严重制约了游戏开发成果，荒川实凭借商业天才让 一款原本注定失败的主机取得了巨大成功……”
即便田尻智本人也没有预料到《口袋妖怪》能够取得如此空前的成功。田尻智中学时代起就是一个狂热的游戏玩家，进入东京高等专科学校后更因为自行编写一 本名为《GAME FREAK》的同人刊物而声名鹊起，后来他在游戏业名人远藤雅伸介绍下结识了横井军平，开始参与GB游戏的开发。《口袋妖怪》的构想始于1990年，田尻 智想制作一款让广大儿童接受的游戏，联想到自己幼年时捕捉昆虫和垂钓青蛙的往事，决定以具有丰富个性的动物角色作为游戏的主题。横井军平也提供了他相当有 价值的建议:“携带用游戏机的表现力肯定不能和家用机相颉抗，但是其便携性和通信机能等优势也是独特的长处，如果能够制作出一款能让玩家相互交流协作的游 戏必然会大成功。”这样一个8Mb的游戏田尻智前后制作了近六年，其中光进行系统调整就约一年半，他在设计时特意做了巧妙的构想，部分强力口袋怪兽的进化 需要两台主机连接进行数据交换才能成功，其提供玩家互动的创意诉求具有划时代的革命意义。在95年初期开发即将收尾时宫本茂又向他提出:“如果用怪物不同 出现几率的细微调整来制作多个版本，可能会使得趣味性和商品价值都得到进一步提高。”田尻智认为这个相当英明的建议，便重新对《口袋妖怪》做了调整，这个 游戏最初以红、绿两个版本发售，初期出荷约30万本。1996年初的携带游戏市场已经濒临崩溃边缘，《FAMI通》杂志著名的两位MM编辑渡边美纪和伊莎 贝拉永野曾就GAMEBOY和GAMEGEAR两款难兄难弟孰先从新作软件榜上消失打赌，任天堂为了弥补VB失败形成的市场真空，紧急开发了改良型号 GAMEBOY POCKET维持局面。《口袋妖怪》从来就没有进入过《FAMI通》新作期待榜TOP30之列，评分仅有差强人意的28分，任天堂的广告投放量也非常有 限。到了次年3月末，人们惊奇的发现一款百万大作无声无息地诞生了，随后的两年间《口袋妖怪-赤/绿》的销量不跌反升，1997年内的累计销量竟然还超过 了上一年，这在整个游戏史也是绝无仅有的奇迹，《口袋妖怪》引发了世界性的流行风潮，携带主机市场也随之再度全面复苏。《口袋妖怪》的成功集合了多重偶然 因素，《FAMI通》编辑部曾经不遗余力地推广宣传这款游戏，其间《口袋妖怪》动画片的晕眩事件也起了反宣传的效应，最关键的还是借助同时期BANDAI 《宠物蛋》引发的电子宠物热潮，《口袋妖怪》的游戏性和耐玩性远远高于娱乐形式单一的《宠物蛋》，当消费者对《宠物蛋》失去兴趣后，《口袋妖怪》便顺理成 章地完全囊括了市场。《口袋妖怪》奇迹再次改写了游戏产业的发展轨迹，失去了家用机市场主导地位的任天堂重新建立了携带游戏这片丰饶的后花园，拥有了足够 和索尼分庭抗礼的资本。山内溥对于《口袋妖怪》系列的成功有着自己独特的见解:“如今的许多消费者已经厌倦了一个人独自坐在电视机前玩游戏，更渴望随时随 地的轻松娱乐和互动交流，未来携带主机将迎来高速增长的时期……”
时势所逼，任天堂的经营思想在N64时代开始发生了重大转变。日本《游戏批评》把1996年末发售的《马里奥赛车64》评价为分水岭式代表作品，《马 里奥赛车64》与其SFC版前作的创作思想存在着本质差异，IS社开发的SFC版非常强调相互追逐的速度感，面向消费层非常广泛，64版对操作进行简洁化 处理，其卖点更着眼于多人对战的乱斗乐趣，诉求的受众年龄层明显向下移动。正如《游戏批评》中所嘲笑的那样;《马里奥赛车64》开场时呼喊游戏标题的电子 模拟童声简直是不打自招的奇特设定，令许多过去坚定支持的高年龄玩家感到莫名困惑。任天堂清醒意识到高中生以上的高年龄消费层已经大半被索尼和世嘉所蚕食 殆尽，惟有退守尚属真空带的低年龄消费层才是长期自存之道，该社的经营思想无意间与日本国内少子化的大气候相吻合，因此市场占有率不断提升。任天堂游戏低 龄化倾向与宫本茂也不无关系，作为主持软件开发大局的唯一灵魂人物，宫本大师偏向童趣化的创作思想直接影响了全局，原横井军平系统的全面失势也导致高年龄 层向游戏出现了断层。由于和者甚寡，任天堂开始着眼于年末商战展开其经营战略，该社将手中有限的王牌于圣诞节前后的两个月间集中施放，以丢卒保帅的策略确 保一年一度最重要销售时期的主导权，这个策略取得圆满成功，从1998年开始至今，任天堂始终保持着圣诞霸者的桂冠，全年度中将近半数的销售业绩来自这个 时间段。甚至有几年达到了60%以上的惊人比例。
1997年1月14日，SCE在东京举办盛大的PS全球出货1000万台庆祝酒会，RPG老铺ENIX社长福岛康博应邀出席，他在席间正式宣布了超大 作《DQVII》将在PS平台发售的消息，这个惊人消息引起了全场沸腾，无疑宣告了日本本土次世代主机大战尘埃落定。山内溥在6月举行的任天堂股东说明会 上承认了N64在本土家用机主导权争夺中落败的现实，但他保证该主机将继续受到全力支持。为了应对来自竞争对手的压力，任天堂随后一口气发表了诸如 《MOTHER3》、《火焰之纹章64》等大批重量级游戏刺激市场，不过其中相当部分不过是虚无缥缈的幌子，甚至连企画书都从来没有完成。面对众叛亲离的 局面，山内溥自然不甘心失败，决意重新建立起一个第三方软件体系，为此和利库路特集团(Recruit)合资成立名为MARIGUL MANAGEMENT的中介发行机构，该机构主要目的是向有作为的个人和团体提供资金援助，解除他们软件开发的后顾之忧，其名称来源是MARIO和 利库路特集团吉祥物海鸥(seagull)的合体。MARIGUL的设立源于任天堂特别经营顾问平林久和向山内溥提供的建议，平林氏是日本著名的游戏评论 家，1996年初曾经与静冈大学助理教授赤尾晃一共同在《日本经济新闻》连载《游戏的大学》，被公认为新人进入游戏业界必读的文章，他还长期为《FAMI 通》等专业媒体提供业界时评，以观点清晰敏锐见称，后因盛名被任天堂礼聘为特别经营顾问。平林久和提出了“工房”的概念，希望任天堂等大企业向小型开发团 队提供资金和技术等各方面的提携，重新塑造一批个性化的游戏品牌，从而达到回归原点的目的，他的提议和山内溥重塑江山的企图不谋而合，因此计划得以立即实 施，首批和MARIGUL缔结合作契约的包括中村光一和Noise等个人和经营会社(笔者在调查资料时发现了一个非常有趣的细节;利库路特集团当时最大的 股东居然是SQUARE的大东家宫本雅史，但没有任何实在资料可以说明宫本雅史在MARIGUL计划中是否发挥过作用)。现实证明了平林久和的“工房”理 念对于日益规模化的日本TV游戏产业来说还是过于乌托邦，即便有着大财团的鼎力支持，那些小型开发团体的影响力和工作效率始终无法和SQUARE或 CAPCOM这些成名数十载的第三方软件商相比，更何况开发环境恶劣的N64原本就不适合于弱势群体的生存，任天堂在2000年后终于将MARIGUL MANAGEMENT解散。虽然复辟梦想未能成功，MARIGUL的存在对日本TV游戏产业的发展做出了无法磨灭的积极贡献，任天堂在广大独立制作人和中 小第三方软件商心目中的形象得到极大改善。MARIGUL解散后，原“杰克与豆之巨木计划”招募成员被归并入INTELLIGENT SYSTEMS，该社的开发实力得到迅速恢复，制作了《口袋妖怪剪影》和《马里奥故事》等N64著名游戏。Noise和猿乐厅等小型会社也以第二方形式编 列入任天堂阵营，Noise全体骨干成员均来自原世嘉街机版《电脑战机VR ON》开发小组，加盟后开发出以操作爽快见称的《自作机器人》系列。猿乐厅是一家事业内容非常独特的会社，该社并不直接参与游戏开发，而主要从事对游戏试 玩版进行评估测试以达到品质向上目的，偶尔也担当游戏企画工作，据说《动物森林》等许多任天堂名作均有猿乐厅这个幕后英雄的功劳。MARIGUL的慷慨解 囊不但使得财宝、CHUNSOFT等一些昔日有名的中小型会社得以重新回归第一线，更令斋藤由多加(原名斋藤裕)、饭田和敏等独立制作人开始崭露头角。斋 藤由多加曾经计划为N64开发一款音声控制的另类游戏《人面鱼》，结果发现卡带的有限容量无法装载庞大的语音系统，宫本茂主动提议斋藤转换平台至世嘉新主 机DREAMCAST，后来《人面鱼》成为DC在日本本土销量最高的游戏。MARIGUL也间接成为撮合任天堂和世嘉两个多年夙敌走向合作的桥梁，出任 MARIGUL社长的香山哲以能言善辩深得世嘉最大股东-CSK集团总裁大川功器重，后进入世嘉历任常务执行董事乃至社长等要职，足可谓平步青云。
1997年初秋，任天堂在千叶幕张举办了NINTENDO SPACE WORLD游戏展览会，山内溥在开幕首日做了具有里程碑意义的基调讲演，在演讲中首次把任天堂的游戏开发理念归纳为“收集、育成、追加、交换”这著名的游 戏四要素，当有记者询问起任天堂对家用主机不利局面的对策时，山内若有所指地郑重表示:“1998年末商战将是确立TV游戏产业未来方向的决定性时刻!” 1997年中任天堂在携带游戏领域收获颇丰，《口袋妖怪-赤/绿》取得了全球500万份以上的惊人销售记录，但该社在家用主机领域的竞争却呈现出恶化的态 势，N64在北美市场独领风骚了整整一年后似乎呈现出强弩之末的迹象，SCEA利用圣诞商战期发动全面大反攻，《古墓丽影》和《FFVII》等大作连发而 取得压倒性胜利，重新夺回了市场主导权。日本本土的N64年末主力游戏是情报开发部制作的《耀西故事》，这部ACT游戏独创性地设计了卡通风格的吹塑纸舞 台背景，拟似立体空间的纵深感觉非常强烈，以小恐龙耀西为主角的该作操作非常简洁，流程长度设计也恰到好处，完全针对低年龄玩家所开发。任天堂对《耀西故 事》的市场前景并不乐观，首批出货不过30万份，但是市场反响之热烈大大超出预期，所有出货在圣诞节期间便全数售完，还有不少携子女闻讯赶来的父母们失望 而归，小卖店纷纷向任天堂紧急追加订货，但当第二批卡带于半月后再度上市时已经错过了最佳销售时机，《耀西故事》的累计销量约72万份，如果供货充足的话 完全有希望突破百万。
自从1995年初心会上惊鸿一瞥，《塞尔达传说64》便如同石沉大海般再无声息，只是游戏媒体上刊登的发售日期不断向后推移，人们的热切期待并没有因 此减退，真假难辨的星点讯息都足以引起广泛的讨论话题。曾经有传闻声称《塞尔达传说64》因为技术原因可能终止开发，其间还发生了担任插画的石之森章太郎 大师的突然病逝的不祥事件，宫本茂在接受采访时表示《超级马里奥64》最多只发挥了N64不到60%的硬件机能，《塞尔达传说64》才是真正彻底展现任天 堂最高实力的作品。虽然N64因为软件匮乏长期低迷不振，但任天堂的经营层始终保持着异乎寻常地镇定，直到1998年初春才逐步揭开了神秘大作的面纱。 《FAMI通》杂志设立了《塞尔达传说64》独家连续报道专栏，玩家们逐渐了解到这部作品以时间为主题，一种名为ocarina的神秘乐器将贯穿整个剧 情……5月的亚特兰大E3游戏展，《塞尔达传说-时之洋笛》首次在日本本土以外公开展出，预料之中的取得了与会者一致赞赏，人们需要经过一个多小时的排队 等待才能得到短短几分钟的亲身体验机会，任天堂的展区因此始终保持着人头攒动的空前盛况。NOA主席霍华德.林肯自豪地对广大媒体记者宣布:“《塞尔达传 说-时之洋笛》将成为TV游戏史上最伟大的游戏作品!”众多专业媒体和相关机构联合评选的E3游戏大奖也给予了同样的积极评价，《塞尔达传说-时之洋笛》 众望所归地被评为了1998年度E3最佳游戏大奖，全球玩家的期待度已经达到了沸腾临界点。
1998年11月21日，日本各地的电玩专卖店出现了久违的行列，成千上万的玩家急切地把期待已久的超大作捧回家中。《塞尔达传说-时之洋笛》再次上 演了大作牵引主机销量的神话，N64的周销量由前周3千台以下的冰点急速跃升到15万台以上，这是该主机两年多来第一次将PS主机踩在脚下，此后凭借着 《元气皮卡丘》、《哥俩好》等作品的连携，N64主机在1998年底掀起了相当成功的反攻浪潮，但是因为缺乏其他第三方厂商的应援，任天堂精心安排的一次 战略大反攻最终因后继乏力宣告失败。宫本茂曾经惋惜地说:“如果那时我们能得到哪怕一点的协助，可能未来的局势就会完全不同。” 《塞尔达传说-时之洋笛》国内销量145万份，而海外则更达到了620万份的天文数字，原本已经被视为穷途末路的N64自此迎来了整整两年的黄金时光。” 《FAMI通》给予了《塞尔达传说64》史上最初的40分满分评价，浜村通信等人总结性的评语代表了大多数玩家的心声:“满分并不意味着这个游戏是完美无 缺的，给予如此的评价无非是向制作人员对游戏本质的不懈追求表示我们最高敬意!”在欧美地区，IGN和GAMSPOT也争相赋予了《塞尔达传说64》的满 分评价，那些苛刻的评论员异口同声地不吝溢美之辞，这样的殊荣堪称空前绝后。相比《超级马里奥64》，任天堂情报开发部的技术人员对三维立体空间存在感和 纵深感的理解又达到了新的高度，过去的3D游戏只能让玩家体验立体感觉，而《塞尔达传说64》则让人彻底感受到空气流动的空间感。视点转换的难题也通过 LOCK ON系统(锁定系统)得到了彻底改善。该作品完全继承了2D《塞尔达》时代的探索和解谜等核心要素，揭开谜题后获得的成就感无法用言语来名状。战斗场面极 具魄力，对BOSS战更是对玩家的操作技巧和思考发出了双重挑战。该游戏的剧本也沿袭了电影化的创作手法，虽然依旧是英雄救美的老套路，但是以“时之笛” 这个穿越时空的道具作为主线的剧情给人平添神秘感。对于过去、现在和未来三重世界观的穿插交错，宫本茂的笔触始终紧扣着“时间”这个主题，在未来的世界里 成年的林克和塞尔达公主因共同战斗而产生了难以割舍的爱情，当林克只身返回现实世界再遇幼年的塞尔达，那份情感却宛如一场久已消逝的梦幻不可寻觅……此中 深意颇值得玩味再三。对于所有的忠实爱好者而言，《塞尔达传说-时之洋笛》无疑是系列的集大成者，海拉尔、七贤者、加洛多罗夫等专用名词逐一再现，甚至 《塞尔达传说-梦之岛DX》中塔林和玛琳父女也以NPC身份出场，3D革命后带来的旧时感动丝毫没有减弱。《塞尔达传说-时之洋笛》的巨大成功离不开任天 堂的品质管理和商业宣传，这个经典事例足以被载入未来的专业教科书中。在近三年的实际开发过程中，动员了任天堂有史以来最大规模的开发团队，不但宫本茂的 情报开发部全线出击，其他开发部门的骨干精英也随时协同作战， 最高达到了150人以上，总制作费用超过50亿日元，而广告宣传费用更是达到了与之同等的空前数字，早在游戏发售前半年，任天堂就在日本全国各种媒体展开 地毯式广告轰炸，其电视台暴光率甚至凌驾于同时期世嘉推出的新主机DREAMCAST。
任天堂独占携带游戏市场的暴利让许多厂商垂涎三尺，纷纷推出新型携带主机参入竞争行列，其中BANDAI的WONDER SWAN(神奇天鹅)的来势最为猛烈。WS主机由横井军平亲自主持设计，但是他本人没有等到正式发表就在1997年10月4日不幸遭遇车祸身亡，该主机获 得SQUARE、SCE、NAMCO等大手企业鼎力支持，SQUARE甚至推出了重新制作的《FFI》作为首发游戏，98年秋WS发售后仅三个多月就顺利 突破百万台。山内溥很早就预感到了竞争的必然性，他在1998年初接受记者采访时曾经断言:“家用游戏主机的高速成长期已经结束，未来是携带主机大流行的 时代，任天堂的经营方针将随时进行有效调整。”面对BANDAI、SNK等对手的挑战，任天堂并没有惊慌失措，从容不迫地采取了软硬两手抓的积极战略。 GAMEBOY COLOR于8月间突然发表，11月即正式发售，丝毫没有给对手应变的机会，在《口袋妖怪-皮卡丘》和《勇者斗恶龙怪物篇-特利的奇妙大冒险》这两款超大 作保驾护航下势如破竹，很快就完全压制了竞争对手的气焰。完全丧失先机的BANDAI等社虽然又接踵推出了彩色液晶版本的携带主机，但一切都为时已晚。山 内溥对未来家用主机规格竞争的残酷性有着非常清醒的认识，他认为越来越高昂的硬件开发成本会导致投资风险成倍提升，任天堂只有进一步扩大投资规模相对低廉 的携带游戏市场才能确保盈利水准不受到影响。夏普是日本最大的液晶面板生产企业，当年横井军平和上村雅之等技术元老大多出身于该社，因此任天堂一度被称为 “迷你夏普”，任天堂曾经与夏普长期保持着良好合作关系，后因为任天堂社内夏普系失势而趋于冷淡。山内溥主动向夏普示好，力邀在夏普就职40多年的股肱老 臣浅田笃出任任天堂社长，凭借浅田良好的人脉关系，任天堂可以优先获得最新液晶面板技术的应用权，确保未来竞争中占据价格和技术的双重优势。从以后任天堂 所面临的种种挑战来看，山内溥确实具有先见之明。山内溥的大胆举措也出于一石二鸟的考虑，由于他已经年近古稀，社内一些高层为将来计而暗中争斗不休，聘请 社外人出任社长起到了平衡势力图的积极作用，原夏普系因此再度抬头。
N64时代是任天堂第二方战略的全盛期，RARE在北美地区的软件销售成绩几乎与任天堂本社等量齐观，最为难能可贵的是，RARE制作了许多诸如《暴 烈推土机》、《007黄金眼》和《杀手学堂2》等高年龄向游戏，和情报开发部出品游戏形成了有机互补作用，这也是少数精锐的N64能够在北美市场大行其道 的主要原因。1998年7月，38岁的岩田聪由HAL研究所社长转任任天堂常务取缔役，经过这位青年干才不懈努力，HAL这家一度濒临破产倒闭的小型游戏 开发会社成长为任天堂在日本本土最重要的第二方。岩田聪出身北海道扎幌市的自民党议员世家，学生时代便因博学广闻有着“无所不知的岩田”美誉，在东京工业 大学情报工学系就读期间迷恋上了电脑游戏开发，偶然机会在秋叶原电器街邂逅了HAL研究所社长谷村正仁，在谷村力邀下放弃了内定就职索尼的机会，来到位于 富士山脚下的10人小会社担当游戏策划。岩田聪第一个作品就是协助任天堂开发了FC版《高尔夫》并取得了百万份以上的销量，从现在角度看这部初试啼音的作 品虽然构图简洁却完全展现了高尔夫游戏的真实感觉，该游戏的色彩搭配和背景效果音都已经展现了HAL研究所出品游戏轻松明快的风格。84年推出的《打气 球》是岩田聪的代表作，这部作品显示他对游戏理念的感悟渐入佳境，虽然在追求完美的操作感和简明的系统等两点与任天堂不谋而合，但在营造气氛的技巧上岩田 却有其独擅之功，他懂得用细微的噱头来激发玩家的兴趣，在难度的调节上更是恰到好处。在当时硬派游戏风行的大趋势下，岩田聪明智的提倡人性化的娱乐方式从 而确立了HAL研究所与众不同的风格，他因为出色的成绩被社长提拔为取缔役。1992年秋，谷村正仁盲目将大量资金用于证券、地产等不动产投资结果负债达 20多亿日圆，会社处于破产的绝境。岩田聪只身前往京都拜见山内溥请求施以援手，山内对这个青年描述的经营构想非常感兴趣，于是以让岩田出任社长的附加条 件出面为HAL研究所做债务担保。在岩田聪的领导下，HAL接连开发出了《星之卡比》系列和《MOTHER2》等多部畅销游戏，仅仅用了三年时间就完全偿 还了债务。岩田聪个性沉稳内敛，行事追求彻底的成果主义，山内溥对之青眼有加而倚为心腹，HAL研究所因此得以迅速成长。HAL研究所在N64时期的作品 并不多，但是《星之卡比》和《任天堂全明星大乱斗》都成为了大卖座游戏，后者更是在全球市场达到了近500万份的销量。
“影之第一开发部” INTELLIGENT SYSTEMS曾经是任天堂最早的第二方，N64时代因为受到横井军平退社事件影响倍受冷遇，许多员工被调离充实本社部门。1998年后任天堂逐渐意识到 该社存在的重要性，将新招募的“杰克与豆之巨木计划”团队归并入IS社，该社的实力重新得到恢复，连续推出了《口袋妖怪剪影》和《马里奥故事》等口碑不俗 的作品，但是由于《火焰之纹章》系列等自创品牌长期未能推出正统续作，IS社原先的独自风格已经有所消磨。CAMELOT是N64时代新崛起的第二方，高 桥宏之兄弟一直是TV游戏业大活跃人物，过去和世嘉、索尼都有过紧密合作关系，曾经开发过《光明力量》和《大众高尔夫》等名作。高桥兄弟因利益分配纠纷与 索尼彻底决裂，于1997年底转投任天堂阵营，任天堂希望借助高桥兄弟在制作体育类游戏上的造诣弥补品牌线的薄弱环节，结果取得了预想的成功，《马里奥网 球64》和《马里奥高尔夫64》都取得了50万份以上的不俗销量。QUEST是任天堂比较失败的投资，SFC时代该社著名制作人松野泰己曾经主持制作了S -RPG不朽名作《奥迦战争》系列(国内俗称《皇家骑士团》)，后松野团队被SQUARE挖角，QUEST陷入了人才和资金的双重困境。任天堂非常看中 《奥迦战争》系列的品牌价值，出资协助QUEST重振旗鼓，于1998年发表对应N64平台的《奥迦战争3》。但是失去了松野团队后的QUEST已经名存 实亡，技术力根本无法满足任天堂的要求，因为后期测试时出现重大BUG，《奥迦战争3》的发售日由1999年春延期至夏天。即便如此，《奥迦战争3》的品 质依然不如人意，据说任天堂内部设立的软件评测机构“SUPER MARIO CLUB”对之评价甚低，在《奥迦战争3》即将出货前夕，任天堂强令撕去卡带上《奥迦战争3》的封贴，将游戏标题改为《奥迦战争64-王者之风》。任天堂 为《奥迦战争64》投入相当巨大的广告预算，希望能够达到百万销量，但实际最终销量仅30万左右。Noise也是N64中后期加盟的第二方，所有核心员工 都来自原世嘉，该社的《自作机器人》系列以独特爽快的操作感觉拥有了10万左右的固定消费层。
除了以上那些资本关系维系的第二方，任天堂还拥有一些不存在资本提携的“半第二方”，其中著名的有HUDSON和财宝。HUDSON在上世纪90年代 末陷入经营困境，KONAMI于2001年注资将其纳入麾下，但该社与任天堂的合作关系并没有因此受到影响。HUDSON是日本游戏业界当之无愧的桌面游 戏之王，任天堂委托该社制作以马里奥系列游戏角色为卖点的桌面游戏，《马里奥聚会》系列凭借着出色的游戏乐趣和任天堂品牌号召力成为了大受欢迎的年末定番 游戏，影响力和销量都超越了HUDSON本家的《桃太郎电铁》系列，成为无可争议的NO.1。传闻任天堂一度有意出资全面收购HUDSON，后来听说该社 内部管理相当混乱，为防止出现尾大不掉的局面，最终放弃了打算。财宝以硬派的游戏风格在日本业界口碑颇佳，该社游戏最初全部由世嘉代理，此后又托庇于 ENIX，因软件销售成绩不佳遭到抛弃。宫本茂一直对财宝制作ACT游戏的造诣非常欣赏，便委托该社开发一款全新3D ACT游戏。《罪与罚-地球的继承者》于2000年11月推出，该游戏无论剧本设定还是实际的操作感觉都非常出色，《FAMI通》给予了35分的金殿堂评 价，但是本作的销量并不十分理想，我们对此只能用曲高和寡来解释。经过数年的苦心经营，曾经被预言即将崩溃的任天堂帝国并没有消亡，其经营业绩并没有因为 失去家用主机领域主导权而有所下降，相反2000年度创造了有史以来最高的1200亿日元的纯利润。任天堂的第二方体系进一步得到完善充实，自社软件阵容 因此更加强大，1999年开始从SQUARE手中夺回日本本土市场第一大软件发行商的宝座并保持至今。
1999年3月2日，SCE在东京都举办了盛大的“PLAYSTATION MEETING1999”发表会，社长久多良木健正式宣布了128位元PS后继主机PSX2，这款主机搭载了未来主流的数码媒体规格DVD，同时向下兼容 PS软件，该主机多边形处理能力的最大峰值可达到6600万个POLYGON/秒。发表席间播放了SCE和SQUARE、NAMCO等五大第三方主力厂商 制作的演示DEMO画面，画面之华丽令在场媒体记者鼓掌赞叹不已，久多良木健自信地宣称制品版的游戏画面将超过演示DEMO。PSX2发表的消息迅速传遍 世界每个角落，令世嘉DC等其他竞争对手的商品为之黯然失色。随之不久，世界最大的电脑应用软件厂商MICRO SOFT也宣布全面进军TV游戏产业，XBOX参入厂商阵容之豪华令人叹为观止。
对于踌躇满志意图东山再起的京都百年老铺而言，未来前途将更加艰险坎坷…