文章名称:Exome Sequencing of Cell-Free DNA from Metastatic Cancer Patients IdentifiesClinically Actionable Mutations Distinct from Primary Disease。
目的:1.验证cfDNA的结果和转移灶和原发灶的一致性,即可以用cfDNA的结果对肿瘤的进展做一个评估。
2.提出ctDNA的突变频率和转移灶有很大相关性,而和原发灶的相关性很低。
做法:对两名转移灶的病人进行原发灶,转移灶,cfDNA进行全外显子测序,看看生信分析后的突变点的重叠情况和突变频率的相关性。
组织突变点保留标准:
1.不在dbSNP数据库中,除非该突变点也在cosmic数据库中
2.深度大于30,突变频率大于10%
3.突变至少有2个reads
cfDNA突变点保留标准:
1.不在dbSNP数据库中,除非该突变点也在cosmic数据库中
2.深度大于30,突变频率大于1.5%
3.突变至少有2个reads
结果:
病人一:
原发灶发现48个somatic variant,在cfDNA中发现了其中的47个。
在cfDNA中还发现了15个独有的突变点,红色的是经过了ION TORRENT PGM验证:
虽然原发灶和cfDNA的突变点有很大的重叠,但是其突变频率的相关性很低: