jQuery专注于DOM的操作，他通过继承的方式给传入的对象增加了新的方法，从而使我们可以通过链式调用来操作对象，这种方法上手简单，我看到很多设计师都可以玩上一玩。其实，就像jQuery说的,write less do more!
YUI是一个大型开发工具，他提供了一套javascript以及css的类库来为交互开发提供支持，我们可以看到YUI除了主打的js框架外，还有配套的压缩工具（YUI Compressor），文档生成工具（YUI Doc），单元测试工具（YUI Test）甚至开放了PHPLOADER（YUI PHP Loader ），再较大团队开发中，这些东西是非常重要的。
从编程语法上来说，诚如前面所说，jQuery专注于DOM操作，因此必不可免的弱化了OO，相比之下YUI则更加规范。
再如，jQuery中面向DOM的设计，决定了他可以通过$.extend()或者$(elem).extend()向对象或者节点增加新的方法，而YUI在这方面就异常的笨拙。
当然，这些并不能说明谁比谁好，YUI的颗粒化决定了他的维护成本低，可以称为刀，而jQuery锋利的刀刃决定了它使用方便，游刃有余，可以称为剑。
所以，刀剑相争？谁主沉浮？嗯，只有看你是令狐冲还是李寻欢了：）
对于我而言，YUI更像是类似MFC这样的重型框架，里面什么都有，API非常的标准化，适合构建各种管理系统的UI，非常方便，但速度相对比较慢。 jQuery就像是一个轻骑兵，轻量级，可扩展，经典的链式调用让你的程序逻辑非常的简介明了。
建议：
(1) 企业内部管理系统可以考虑使用YUI，可以很方便地创建各种类似桌面应用体验的服务；
(2) 对速度和流量要求比较高的网站，建议使用jQuery。
jQuery (不包括jQuery UI之类的增强及插件) 更多的好象一个基本的工具类，涵盖了DOM操作，Event绑定，基本动画，Ajax封闭，以及大量的工具方式，便利的语法结构。简单的插件机制。
YUI2的时候，似乎也做了同样的事，不过Yahoo的工程师更喜欢“重”的方式，规范的类结构，名字空间，Event, Dom的封闭，然后在这个基础上也进一步集成了许多UI的控件。
到了YUI3的时候，更清楚的底层结构，Sandboxing，让你可以容易的整合其他的Javascript Library。这个时候，YUI倒更象是一个框架而不是函数库(library)。
淘宝的Kissy框架 https://github.com/kissyteam/kissy, 或者WebQQ用到的Jet框架 http://code.google.com/p/j-et/ 都或多或少的受YUI3框架结构的启发，弱化，而建立一个供自己使用的更精巧的框架。（有时候自主框架的好处是快速的Fix以及灵活的面对你的项目需求，版本控制）。
所以我的最终的建议是，如果是快速的原型开发，或者小型， UI复杂度底的时候，选择jQuery。如果是需要有自己长期维护的UI较多的多页面的项目，选择 YUI似乎是更好的决定。