flash是用来存储代码的，在执行过程中不能改；EEPROM是用来保存用户数据，执行过程中能够改变，比方一个时钟的闹铃时间初始化设定为12：00，后来在执行中改为6：00，这是保存在EEPROM里，不怕掉电，就算又一次上电也不须要又一次调整到6：00
两者都是非易失性存储器
FLASH的全称是FLASH EEPROM，但跟常规EEPROM的操作方法不同
FLASH和EEPROM的最大差别是FLASH按扇区操作，EEPROM则按字节操作，二者寻址方法不同，存储单元的结构也不同。FLASH的电路结构较简单，相同容量占芯片面积较小，成本自然比EEPROM低，因而适合用作程序存储器，EEPROM则很多其它的用作非易失的数据存储器。
当然用FLASH做数据存储器也行。但操作比EEPROM麻烦的多。所以更“人性化”的MCU设计会集成FLASH和EEPROM两种非易失性存储器，而便宜型设计往往仅仅有FLASH。早期可电擦写型MCU则都是EEPRM结构，如今已基本上停产了。
一般来说eeprom中存放开机是用到的參数。不可丢失的变量等。而FLASH中会存放程序，记录文件等。