plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式
plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式
两个版本用到的命令不一样
对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为:
plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf
生成的vcf为4.2版本
对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为:
plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf
生成的vcf为4.3版本
参考链接:
http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf
http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf