1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确;而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000bp为宜;而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp3.bowtie2的对比支持gap,而bowtie1不支持4.bowtie2可以支持局部比对,而bowtie1不支持5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N,而bowtie1不支持