R使用netmeta程序包实现二分类数据的频率学网状meta分析

该研究检索了Cochrane对照试验中心注册，CINAHL，Embase，LILACS数据库，MEDLINE，MEDLINEIn-Process，PsycINFO，监管机构网站，以及从一开始就发布和未发表的双盲随机对照试验的国际注册2016年1月8日。

研究包括21种抗抑郁药的安慰剂对照和头对头试验，用于成人（≥18岁和两性）的急性治疗，根据标准操作标准诊断为严重抑郁症。

主要结果是疗效（反应率）和可接受性（由于任何原因导致的治疗中断）。我们使用具有随机效应的成对和网络荟萃分析估计概要比值比（OR）。

数据来源于该文章提供的数据，https://data.mendeley.com/datasets/83rthbp8ys/2。

1 程序包安装及数据加载

首先是下载和加载netmeta程序包。

##install.packages("netmeta")
library(netmeta)

eff <- read.csv("full-efficacy.csv", 
                header = TRUE, 
                stringsAsFactors = FALSE)

acc <- read.csv("full-acceptability.csv", 
                header = TRUE,
                stringsAsFactors = FALSE)

2 模型构建（netmeta）

模型构建首先使用pairwise函数对数据处理其次鞭尸使用核心函数netmeta函数进行模型分析，可以分别选择fixed和random两类模型。

deff <- pairwise(treat = t, 
                  n, 
                  event = r, 
                  data = eff, 
                  studlab = id, 
                  sm = "OR")
dacc <- pairwise(treat = t,
                  n, 
                  event = r, 
                  data = acc, 
                  studlab = id,
                  sm = "OR")
e.netmeta <-netmeta(deff, 
                    comb.fixed = FALSE, 
                    comb.random = TRUE)
e.netmeta
a.netmeta <-netmeta(dacc, 
                    comb.fixed = FALSE, 
                    comb.random = TRUE)
a.netmeta 

模型结果如下所示（仅展示e.netmeta）：

## Number of studies: k = 433
## Number of pairwise comparisons: m = 555
## Number of observations: o = 103155
## Number of treatments: n = 22
## Number of designs: d = 117
## 
## Random effects model
## 
## Treatment estimate (sm = 'OR', comparison: other treatments vs 'agomelatine'):
##                     OR           95%-CI     z  p-value
## agomelatine          .                .     .        .
## amitriptyline   1.2819 [1.0792; 1.5226]  2.83   0.0047
## bupropion       0.9461 [0.7759; 1.1536] -0.55   0.5841
## citalopram      0.9289 [0.7753; 1.1130] -0.80   0.4239
## clomipramine    0.9061 [0.7092; 1.1577] -0.79   0.4304
## desvenlafaxine  0.9078 [0.7258; 1.1355] -0.85   0.3969
## duloxetine      1.1242 [0.9537; 1.3252]  1.40   0.1629
## escitalopram    1.0180 [0.8664; 1.1963]  0.22   0.8281
## fluoxetine      0.9246 [0.8021; 1.0660] -1.08   0.2803
## fluvoxamine     1.0197 [0.8218; 1.2653]  0.18   0.8593
## levomilnacipran 0.9716 [0.7343; 1.2857] -0.20   0.8404
## milnacipran     1.0531 [0.8032; 1.3808]  0.37   0.7082
## mirtazapine     1.1393 [0.9415; 1.3787]  1.34   0.1802
## nefazodone      1.0155 [0.7763; 1.3284]  0.11   0.9109
## paroxetine      1.0562 [0.9170; 1.2165]  0.76   0.4482
## placebo         0.6118 [0.5373; 0.6967] -7.41 < 0.0001
## reboxetine      0.8301 [0.6729; 1.0240] -1.74   0.0821
## sertraline      1.0080 [0.8516; 1.1932]  0.09   0.9259
## trazodone       0.9050 [0.7191; 1.1389] -0.85   0.3947
## venlafaxine     1.0800 [0.9256; 1.2600]  0.98   0.3282
## vilazodone      0.9636 [0.7475; 1.2421] -0.29   0.7746
## vortioxetine    1.0130 [0.8384; 1.2239]  0.13   0.8938
## 
## Quantifying heterogeneity / inconsistency:
## tau^2 = 0.0426; tau = 0.2063; I^2 = 34.1% [26.1%; 41.2%]
## 
## Tests of heterogeneity (within designs) and inconsistency (between designs):
##                      Q d.f.  p-value
## Total           717.35  473 < 0.0001
## Within designs  499.41  347 < 0.0001
## Between designs 217.95  126 < 0.0001

3 网络证据图（network plot）

网状证据图是用来表示各种干预措施之间关系的最直观的可视化，是网状meta分析的标配，核心函数为netgraph。

• 网状meta分析的核心结果之一

• 节点：干预措施的样本量

• 线条：干预措施头对头试验，粗细代表试验数

##有效性  efficacy
netgraph(e.netmeta,
         start ="circle", 
         cex = 1, 
         col = "black", 
         plastic = FALSE, 
         points = TRUE,
         col.points = "steelblue", 
         cex.points =15*sqrt(n.trts/max(n.trts)),
         thickness = "number.of.studies", 
         lwd.max = 12, 
         lwd.min = 1, 
         multiarm = F)

netgraph(a.netmeta, 
         start ="circle", 
         cex = 0.7, 
         col = "black", 
         plastic = F, 
         points = TRUE, 
         col.points = "darkred",
         cex.points =15*sqrt(n.trts/max(n.trts)), 
         thickness = "number.of.studies",
         lwd.max = 12, 
         lwd.min = 1, 
         multiarm = FALSE)

4 森林图（forest plot）

森林图是meta分析的标配，在网状meta中也是一样的，如图所示，森林图给出了各干预措施比较的效应量及95%可信区间，当然，也给出了预测区间。

主要使用forest函数实现。

forest(e.netmeta, 
       ref = "placebo", 
       pooled = "random", 
       digits = 2, 
       col.square = "steelblue",
       smlab = "Random effects model", 
       label.left = "Favors citalopram",
       label.right = "Favors the other", 
       leftlabs = "Efficacy", 
       drop = TRUE,
       sortvar = -TE)

forest(a.netmeta, 
       ref = "placebo", 
       pooled = "random", 
       digits = 2, 
       col.square = "darkred",
       xlim = c(2, 0.5),
       smlab = "Random effects model", 
       label.left = "Favors the other",
       label.right = "Favors citalopram", 
       leftlabs = "Acceptability", 
       drop = T, 
       sortvar = TE)

6 两两比较赛联表（league）

赛联表为网状meta两两比较结果，使用netleague函数实现。

league <- netleague(e.netmeta, 
                      a.netmeta, 
                      backtransf = TRUE, 
                      direct = FALSE, 
                      fixed = FALSE, 
                      digits =2, 
                      bracket = "(",
                      separator = " to ")
league

6 节点分割法（netsplit）

不一致性是指网状meta分析中直接证据和间接证据存在差异，这会影响网状meta分析的真实性，因此需要在进行网状meta分析时进行检测，并分析不一致性的产生原因。对于三个治疗措施形成的闭合环，就可以直接比较直接证据和间接证据之间的不一致性。对于四个研究形成的闭合环，可以分割成两个闭合的三角形环，进而分析直接证据和间接证据之间的不一致性。

常用的不一致检验方法为节点分割法，使用netsplit函数实现：

netsplit(e.netmeta)

## Separate indirect from direct evidence (SIDE) using back-calculation method
## 
## Random effects model: 
## 
##                      comparison  k   prop    nma direct indir.    RoR     z p-value
##       amitriptyline:agomelatine  0      0 1.2819      . 1.2819      .     .       .
##           bupropion:agomelatine  0      0 0.9461      . 0.9461      .     .       .
##          citalopram:agomelatine  0      0 0.9289      . 0.9289      .     .       .
##        clomipramine:agomelatine  0      0 0.9061      . 0.9061      .     .       .
##      desvenlafaxine:agomelatine  0      0 0.9078      . 0.9078      .     .       .
##          duloxetine:agomelatine  1   0.08 1.1242 1.3162 1.1087 1.1873  0.56  0.5763
##        escitalopram:agomelatine  2   0.10 1.0180 0.8117 1.0431 0.7782 -0.90  0.3671
##          fluoxetine:agomelatine  4   0.26 0.9246 0.9841 0.9050 1.0874  0.50  0.6144
##         fluvoxamine:agomelatine  0      0 1.0197      . 1.0197      .     .       .
##     levomilnacipran:agomelatine  0      0 0.9716      . 0.9716      .     .       .
##         milnacipran:agomelatine  0      0 1.0531      . 1.0531      .     .       .
##         mirtazapine:agomelatine  0      0 1.1393      . 1.1393      .     .       .
##          nefazodone:agomelatine  0      0 1.0155      . 1.0155      .     .       .
##          paroxetine:agomelatine  5   0.28 1.0562 1.1715 1.0151 1.1540  0.89  0.3740
##             placebo:agomelatine 13   0.57 0.6118 0.6423 0.5742 1.1186  0.84  0.4022
##          reboxetine:agomelatine  0      0 0.8301      . 0.8301      .     .       .
##          sertraline:agomelatine  0      0 1.0080      . 1.0080      .     .       .
##           trazodone:agomelatine  0      0 0.9050      . 0.9050      .     .       .
##         venlafaxine:agomelatine  2   0.10 1.0800 0.7374 1.1293 0.6529 -1.66  0.0970
##          vilazodone:agomelatine  0      0 0.9636      . 0.9636      .     .       .
##        vortioxetine:agomelatine  0      0 1.0130      . 1.0130      .     .       .
##         amitriptyline:bupropion  0      0 1.3549      . 1.3549      .     .       .
##        amitriptyline:citalopram  0      0 1.3800      . 1.3800      .     .       .
##      amitriptyline:clomipramine  0      0 1.4147      . 1.4147      .     .       .
##    amitriptyline:desvenlafaxine  0      0 1.4120      . 1.4120      .     .       .
##        amitriptyline:duloxetine  0      0 1.1402      . 1.1402      .     .       .
##      amitriptyline:escitalopram  0      0 1.2592      . 1.2592      .     .       .
##        amitriptyline:fluoxetine 12   0.17 1.3863 1.0645 1.4642 0.7271 -1.78  0.0751
##       amitriptyline:fluvoxamine  3   0.15 1.2571 1.0897 1.2886 0.8457 -0.58  0.5605
##   amitriptyline:levomilnacipran  0      0 1.3193      . 1.3193      .     .       .
##       amitriptyline:milnacipran  2   0.17 1.2172 1.1673 1.2274 0.9510 -0.14  0.8865
##       amitriptyline:mirtazapine  4   0.15 1.1251 1.0455 1.1397 0.9173 -0.34  0.7325
##        amitriptyline:nefazodone  0      0 1.2624      . 1.2624      .     .       .
##        amitriptyline:paroxetine 13   0.27 1.2137 1.0677 1.2734 0.8385 -1.19  0.2326
##           amitriptyline:placebo 22   0.41 2.0951 2.6250 1.7952 1.4622  3.04  0.0024
##        amitriptyline:reboxetine  0      0 1.5442      . 1.5442      .     .       .
##        amitriptyline:sertraline  7   0.31 1.2716 1.2908 1.2632 1.0218  0.13  0.8948
##         amitriptyline:trazodone  3   0.19 1.4165 1.2748 1.4511 0.8785 -0.46  0.6458
##       amitriptyline:venlafaxine  2   0.06 1.1869 1.1829 1.1872 0.9963 -0.01  0.9905
##        amitriptyline:vilazodone  0      0 1.3303      . 1.3303      .     .       .
##      amitriptyline:vortioxetine  0      0 1.2655      . 1.2655      .     .       .
##            bupropion:citalopram  0      0 1.0186      . 1.0186      .     .       .
##          bupropion:clomipramine  0      0 1.0442      . 1.0442      .     .       .
##        bupropion:desvenlafaxine  0      0 1.0422      . 1.0422      .     .       .
##            bupropion:duloxetine  0      0 0.8416      . 0.8416      .     .       .
##          bupropion:escitalopram  2   0.17 0.9294 0.9319 0.9289 1.0033  0.01  0.9894
##            bupropion:fluoxetine  3   0.19 1.0232 0.8415 1.0726 0.7846 -1.13  0.2601
##           bupropion:fluvoxamine  0      0 0.9278      . 0.9278      .     .       .
##       bupropion:levomilnacipran  0      0 0.9738      . 0.9738      .     .       .
##           bupropion:milnacipran  0      0 0.8984      . 0.8984      .     .       .
##           bupropion:mirtazapine  0      0 0.8304      . 0.8304      .     .       .
##            bupropion:nefazodone  0      0 0.9317      . 0.9317      .     .       .
##            bupropion:paroxetine  1   0.05 0.8958 1.0008 0.8909 1.1234  0.29  0.7743
##               bupropion:placebo 17   0.75 1.5464 1.4492 1.8839 0.7693 -1.45  0.1472
##            bupropion:reboxetine  0      0 1.1398      . 1.1398      .     .       .
##            bupropion:sertraline  1 < 0.01 0.9386 0.9375 0.9386 0.9988 -0.00  0.9991
##             bupropion:trazodone  1   0.08 1.0455 2.0952 0.9811 2.1357  1.72  0.0859
##           bupropion:venlafaxine  1   0.09 0.8761 1.1722 0.8510 1.3774  1.03  0.3052
##            bupropion:vilazodone  0      0 0.9819      . 0.9819      .     .       .
##          bupropion:vortioxetine  0      0 0.9340      . 0.9340      .     .       .
##         citalopram:clomipramine  1   0.08 1.0251 0.5674 1.0811 0.5248 -1.43  0.1524
##       citalopram:desvenlafaxine  0      0 1.0232      . 1.0232      .     .       .
##           citalopram:duloxetine  0      0 0.8263      . 0.8263      .     .       .
##         citalopram:escitalopram 13   0.43 0.9124 0.7465 1.0587 0.7052 -2.28  0.0226
##           citalopram:fluoxetine  2   0.11 1.0046 0.9632 1.0101 0.9536 -0.20  0.8390
##          citalopram:fluvoxamine  1   0.09 0.9109 1.1071 0.8937 1.2388  0.56  0.5728
##      citalopram:levomilnacipran  0      0 0.9560      . 0.9560      .     .       .
##          citalopram:milnacipran  0      0 0.8820      . 0.8820      .     .       .
##          citalopram:mirtazapine  1   0.06 0.8153 1.3238 0.7926 1.6702  1.21  0.2263
##           citalopram:nefazodone  0      0 0.9148      . 0.9148      .     .       .
##           citalopram:paroxetine  1   0.06 0.8795 1.3555 0.8575 1.5808  1.39  0.1631
##              citalopram:placebo 11   0.47 1.5182 1.5025 1.5324 0.9805 -0.15  0.8833
##           citalopram:reboxetine  1   0.12 1.1190 1.7296 1.0517 1.6446  1.57  0.1167
##           citalopram:sertraline  3   0.11 0.9215 0.8849 0.9259 0.9557 -0.17  0.8682
##            citalopram:trazodone  0      0 1.0264      . 1.0264      .     .       .
##          citalopram:venlafaxine  2   0.05 0.8601 1.7421 0.8265 2.1078  2.09  0.0365
##           citalopram:vilazodone  2   0.38 0.9640 0.9358 0.9813 0.9536 -0.19  0.8516
##         citalopram:vortioxetine  0      0 0.9170      . 0.9170      .     .       .
##     clomipramine:desvenlafaxine  0      0 0.9981      . 0.9981      .     .       .
##         clomipramine:duloxetine  0      0 0.8060      . 0.8060      .     .       .
##       clomipramine:escitalopram  0      0 0.8901      . 0.8901      .     .       .
##         clomipramine:fluoxetine  4   0.19 0.9800 0.6108 1.0955 0.5576 -2.07  0.0389
##        clomipramine:fluvoxamine  2   0.06 0.8886 1.8541 0.8450 2.1942  1.41  0.1572
##    clomipramine:levomilnacipran  0      0 0.9326      . 0.9326      .     .       .
##        clomipramine:milnacipran  1   0.12 0.8604 0.8696 0.8592 1.0121  0.03  0.9798
##        clomipramine:mirtazapine  0      0 0.7953      . 0.7953      .     .       .
##         clomipramine:nefazodone  0      0 0.8923      . 0.8923      .     .       .
##         clomipramine:paroxetine  6   0.44 0.8579 0.9052 0.8227 1.1003  0.44  0.6617
##            clomipramine:placebo  0      0 1.4810      . 1.4810      .     .       .
##         clomipramine:reboxetine  0      0 1.0916      . 1.0916      .     .       .
##         clomipramine:sertraline  2   0.16 0.8989 0.9547 0.8883 1.0746  0.23  0.8204
##          clomipramine:trazodone  1   0.10 1.0013 1.6162 0.9476 1.7056  1.14  0.2524
##        clomipramine:venlafaxine  2   0.13 0.8390 0.6046 0.8797 0.6872 -1.08  0.2811
##         clomipramine:vilazodone  0      0 0.9404      . 0.9404      .     .       .
##       clomipramine:vortioxetine  0      0 0.8945      . 0.8945      .     .       .
##       desvenlafaxine:duloxetine  1   0.14 0.8075 0.8285 0.8041 1.0304  0.10  0.9223
##     desvenlafaxine:escitalopram  0      0 0.8917      . 0.8917      .     .       .
##       desvenlafaxine:fluoxetine  0      0 0.9818      . 0.9818      .     .       .
##      desvenlafaxine:fluvoxamine  0      0 0.8903      . 0.8903      .     .       .
##  desvenlafaxine:levomilnacipran  0      0 0.9343      . 0.9343      .     .       .
##      desvenlafaxine:milnacipran  0      0 0.8620      . 0.8620      .     .       .
##      desvenlafaxine:mirtazapine  0      0 0.7968      . 0.7968      .     .       .
##       desvenlafaxine:nefazodone  0      0 0.8940      . 0.8940      .     .       .
##       desvenlafaxine:paroxetine  0      0 0.8595      . 0.8595      .     .       .
##          desvenlafaxine:placebo  9   0.96 1.4837 1.4711 1.8067 0.8142 -0.44  0.6590
##       desvenlafaxine:reboxetine  0      0 1.0936      . 1.0936      .     .       .
##       desvenlafaxine:sertraline  0      0 0.9006      . 0.9006      .     .       .
##        desvenlafaxine:trazodone  0      0 1.0031      . 1.0031      .     .       .
##      desvenlafaxine:venlafaxine  0      0 0.8406      . 0.8406      .     .       .
##       desvenlafaxine:vilazodone  0      0 0.9421      . 0.9421      .     .       .
##     desvenlafaxine:vortioxetine  0      0 0.8962      . 0.8962      .     .       .
##         duloxetine:escitalopram  3   0.19 1.1043 0.8436 1.1744 0.7183 -1.73  0.0834
##           duloxetine:fluoxetine  2   0.04 1.2158 1.2298 1.2152 1.0120  0.04  0.9713
##          duloxetine:fluvoxamine  0      0 1.1025      . 1.1025      .     .       .
##      duloxetine:levomilnacipran  0      0 1.1570      . 1.1570      .     .       .
##          duloxetine:milnacipran  0      0 1.0675      . 1.0675      .     .       .
##          duloxetine:mirtazapine  0      0 0.9868      . 0.9868      .     .       .
##           duloxetine:nefazodone  0      0 1.1071      . 1.1071      .     .       .
##           duloxetine:paroxetine  7   0.28 1.0644 0.9756 1.1018 0.8855 -0.85  0.3975
##              duloxetine:placebo 21   0.65 1.8374 1.9167 1.6999 1.1275  1.01  0.3148
##           duloxetine:reboxetine  0      0 1.3543      . 1.3543      .     .       .
##           duloxetine:sertraline  0      0 1.1153      . 1.1153      .     .       .
##            duloxetine:trazodone  0      0 1.2423      . 1.2423      .     .       .
##          duloxetine:venlafaxine  2   0.12 1.0410 0.8989 1.0623 0.8462 -0.76  0.4462
##           duloxetine:vilazodone  0      0 1.1667      . 1.1667      .     .       .
##         duloxetine:vortioxetine  6   0.46 1.1098 1.3793 0.9188 1.5011  2.46  0.0141
##         escitalopram:fluoxetine  3   0.11 1.1010 1.1260 1.0979 1.0256  0.12  0.9028
##        escitalopram:fluvoxamine  0      0 0.9983      . 0.9983      .     .       .
##    escitalopram:levomilnacipran  0      0 1.0478      . 1.0478      .     .       .
##        escitalopram:milnacipran  0      0 0.9667      . 0.9667      .     .       .
##        escitalopram:mirtazapine  0      0 0.8936      . 0.8936      .     .       .
##         escitalopram:nefazodone  0      0 1.0025      . 1.0025      .     .       .
##         escitalopram:paroxetine  3   0.14 0.9639 0.9924 0.9594 1.0344  0.18  0.8556
##            escitalopram:placebo 20   0.57 1.6639 1.4412 2.0122 0.7162 -3.00  0.0027
##         escitalopram:reboxetine  0      0 1.2264      . 1.2264      .     .       .
##         escitalopram:sertraline  3   0.11 1.0099 0.8644 1.0296 0.8395 -0.72  0.4724
##          escitalopram:trazodone  0      0 1.1249      . 1.1249      .     .       .
##        escitalopram:venlafaxine  2   0.08 0.9426 1.2105 0.9219 1.3130  1.06  0.2899
##         escitalopram:vilazodone  0      0 1.0565      . 1.0565      .     .       .
##       escitalopram:vortioxetine  0      0 1.0050      . 1.0050      .     .       .
##          fluoxetine:fluvoxamine  2   0.11 0.9068 0.9700 0.8992 1.0788  0.25  0.8014
##      fluoxetine:levomilnacipran  0      0 0.9516      . 0.9516      .     .       .
##          fluoxetine:milnacipran  2   0.27 0.8780 1.1789 0.7874 1.4972  1.43  0.1517
##          fluoxetine:mirtazapine  6   0.22 0.8116 0.7559 0.8281 0.9128 -0.48  0.6312
##           fluoxetine:nefazodone  3   0.14 0.9106 0.9633 0.9025 1.0673  0.18  0.8586
##           fluoxetine:paroxetine 12   0.23 0.8755 0.9421 0.8566 1.0998  0.79  0.4297
##              fluoxetine:placebo 39   0.47 1.5113 1.4097 1.6086 0.8764 -1.56  0.1180
##           fluoxetine:reboxetine  4   0.25 1.1139 1.2160 1.0816 1.1243  0.56  0.5785
##           fluoxetine:sertraline  6   0.19 0.9173 0.7004 0.9786 0.7157 -2.03  0.0426
##            fluoxetine:trazodone  4   0.12 1.0217 0.8357 1.0506 0.7955 -0.73  0.4683
##          fluoxetine:venlafaxine 14   0.33 0.8562 0.8008 0.8849 0.9049 -0.82  0.4097
##           fluoxetine:vilazodone  0      0 0.9596      . 0.9596      .     .       .
##         fluoxetine:vortioxetine  0      0 0.9128      . 0.9128      .     .       .
##     fluvoxamine:levomilnacipran  0      0 1.0495      . 1.0495      .     .       .
##         fluvoxamine:milnacipran  2   0.21 0.9683 0.5832 1.1054 0.5276 -1.82  0.0690
##         fluvoxamine:mirtazapine  2   0.19 0.8950 0.8764 0.8993 0.9745 -0.09  0.9264
##          fluvoxamine:nefazodone  0      0 1.0042      . 1.0042      .     .       .
##          fluvoxamine:paroxetine  2   0.08 0.9655 0.8810 0.9729 0.9055 -0.28  0.7787
##             fluvoxamine:placebo 11   0.37 1.6667 2.0337 1.4836 1.3708  1.69  0.0915
##          fluvoxamine:reboxetine  0      0 1.2284      . 1.2284      .     .       .
##          fluvoxamine:sertraline  2   0.09 1.0116 1.5585 0.9685 1.6091  1.34  0.1802
##           fluvoxamine:trazodone  0      0 1.1268      . 1.1268      .     .       .
##         fluvoxamine:venlafaxine  1   0.05 0.9442 0.4229 0.9810 0.4311 -1.76  0.0792
##          fluvoxamine:vilazodone  0      0 1.0583      . 1.0583      .     .       .
##        fluvoxamine:vortioxetine  0      0 1.0067      . 1.0067      .     .       .
##     levomilnacipran:milnacipran  0      0 0.9226      . 0.9226      .     .       .
##     levomilnacipran:mirtazapine  0      0 0.8528      . 0.8528      .     .       .
##      levomilnacipran:nefazodone  0      0 0.9568      . 0.9568      .     .       .
##      levomilnacipran:paroxetine  0      0 0.9199      . 0.9199      .     .       .
##         levomilnacipran:placebo  5   1.00 1.5881 1.5881      .      .     .       .
##      levomilnacipran:reboxetine  0      0 1.1705      . 1.1705      .     .       .
##      levomilnacipran:sertraline  0      0 0.9639      . 0.9639      .     .       .
##       levomilnacipran:trazodone  0      0 1.0737      . 1.0737      .     .       .
##     levomilnacipran:venlafaxine  0      0 0.8997      . 0.8997      .     .       .
##      levomilnacipran:vilazodone  0      0 1.0084      . 1.0084      .     .       .
##    levomilnacipran:vortioxetine  0      0 0.9592      . 0.9592      .     .       .
##         milnacipran:mirtazapine  0      0 0.9243      . 0.9243      .     .       .
##          milnacipran:nefazodone  0      0 1.0371      . 1.0371      .     .       .
##          milnacipran:paroxetine  2   0.40 0.9971 0.9517 1.0283 0.9255 -0.31  0.7587
##             milnacipran:placebo  0      0 1.7212      . 1.7212      .     .       .
##          milnacipran:reboxetine  0      0 1.2686      . 1.2686      .     .       .
##          milnacipran:sertraline  1   0.02 1.0447 2.0870 1.0299 2.0264  0.75  0.4556
##           milnacipran:trazodone  0      0 1.1637      . 1.1637      .     .       .
##         milnacipran:venlafaxine  0      0 0.9751      . 0.9751      .     .       .
##          milnacipran:vilazodone  0      0 1.0929      . 1.0929      .     .       .
##        milnacipran:vortioxetine  0      0 1.0396      . 1.0396      .     .       .
##          mirtazapine:nefazodone  0      0 1.1220      . 1.1220      .     .       .
##          mirtazapine:paroxetine  5   0.22 1.0787 0.9653 1.1127 0.8676 -0.75  0.4553
##             mirtazapine:placebo 12   0.34 1.8621 1.7805 1.9058 0.9342 -0.43  0.6659
##          mirtazapine:reboxetine  0      0 1.3725      . 1.3725      .     .       .
##          mirtazapine:sertraline  1   0.08 1.1302 0.9741 1.1458 0.8502 -0.50  0.6138
##           mirtazapine:trazodone  2   0.18 1.2589 1.5017 1.2127 1.2384  0.70  0.4859
##         mirtazapine:venlafaxine  2   0.14 1.0549 1.3661 1.0124 1.3493  1.22  0.2208
##          mirtazapine:vilazodone  0      0 1.1824      . 1.1824      .     .       .
##        mirtazapine:vortioxetine  0      0 1.1247      . 1.1247      .     .       .
##           nefazodone:paroxetine  2   0.16 0.9614 0.7517 1.0065 0.7468 -0.85  0.3962
##              nefazodone:placebo  8   0.63 1.6597 1.7354 1.5368 1.1293  0.48  0.6285
##           nefazodone:reboxetine  0      0 1.2233      . 1.2233      .     .       .
##           nefazodone:sertraline  1   0.12 1.0074 1.1667 0.9874 1.1816  0.41  0.6789
##            nefazodone:trazodone  0      0 1.1221      . 1.1221      .     .       .
##          nefazodone:venlafaxine  0      0 0.9403      . 0.9403      .     .       .
##           nefazodone:vilazodone  0      0 1.0538      . 1.0538      .     .       .
##         nefazodone:vortioxetine  0      0 1.0025      . 1.0025      .     .       .
##              paroxetine:placebo 46   0.53 1.7263 1.6524 1.8138 0.9110 -1.14  0.2554
##           paroxetine:reboxetine  3   0.31 1.2724 1.2385 1.2881 0.9615 -0.20  0.8411
##           paroxetine:sertraline  2   0.08 1.0478 0.8952 1.0620 0.8429 -0.70  0.4867
##            paroxetine:trazodone  2   0.12 1.1671 1.7157 1.1093 1.5467  1.36  0.1739
##          paroxetine:venlafaxine  3   0.09 0.9780 0.6303 1.0189 0.6186 -2.25  0.0243
##           paroxetine:vilazodone  0      0 1.0961      . 1.0961      .     .       .
##         paroxetine:vortioxetine  0      0 1.0427      . 1.0427      .     .       .
##              placebo:reboxetine 10   0.62 0.7371 0.7123 0.7788 0.9145 -0.50  0.6157
##              placebo:sertraline 18   0.47 0.6070 0.6270 0.5898 1.0630  0.52  0.6009
##               placebo:trazodone  8   0.42 0.6761 0.5699 0.7653 0.7446 -1.47  0.1410
##             placebo:venlafaxine 22   0.46 0.5665 0.5614 0.5709 0.9833 -0.17  0.8668
##              placebo:vilazodone  6   0.90 0.6350 0.6472 0.5318 1.2171  0.52  0.6024
##            placebo:vortioxetine 14   0.83 0.6040 0.5766 0.7538 0.7649 -1.42  0.1565
##           reboxetine:sertraline  0      0 0.8235      . 0.8235      .     .       .
##            reboxetine:trazodone  0      0 0.9173      . 0.9173      .     .       .
##          reboxetine:venlafaxine  1   0.07 0.7686 1.0446 0.7519 1.3894  0.85  0.3956
##           reboxetine:vilazodone  0      0 0.8615      . 0.8615      .     .       .
##         reboxetine:vortioxetine  0      0 0.8195      . 0.8195      .     .       .
##            sertraline:trazodone  1   0.06 1.1139 0.5595 1.1659 0.4799 -1.60  0.1095
##          sertraline:venlafaxine  3   0.10 0.9334 0.8472 0.9436 0.8979 -0.45  0.6520
##           sertraline:vilazodone  0      0 1.0461      . 1.0461      .     .       .
##         sertraline:vortioxetine  0      0 0.9951      . 0.9951      .     .       .
##           trazodone:venlafaxine  2   0.13 0.8379 0.6311 0.8743 0.7218 -1.03  0.3052
##            trazodone:vilazodone  0      0 0.9392      . 0.9392      .     .       .
##          trazodone:vortioxetine  0      0 0.8934      . 0.8934      .     .       .
##          venlafaxine:vilazodone  0      0 1.1208      . 1.1208      .     .       .
##        venlafaxine:vortioxetine  2   0.15 1.0661 0.8452 1.1114 0.7605 -1.17  0.2412
##         vilazodone:vortioxetine  0      0 0.9512      . 0.9512      .     .       .
## 
## Legend:
##  comparison - Treatment comparison
##  k          - Number of studies providing direct evidence
##  prop       - Direct evidence proportion
##  nma        - Estimated treatment effect (OR) in network meta-analysis
##  direct     - Estimated treatment effect (OR) derived from direct evidence
##  indir.     - Estimated treatment effect (OR) derived from indirect evidence
##  RoR        - Ratio of Ratios (direct versus indirect)
##  z          - z-value of test for disagreement (direct versus indirect)
##  p-value    - p-value of test for disagreement (direct versus indirect)

forest(netsplit(e.netmeta))

结果同样可以使用森林图展示（展示部分）：

7 热图（netheat plot）

• 一种判断不一致性的方法，图中的灰色方块在row方向中越大表示研究越重要，颜色越红代表研究一致性越大。

netheat(e.netmeta, 
        nchar.trts = 4,
        random = TRUE)

8 排序图（SURCA plot）

对干预措施的优劣进行排序是网状meta分析的一大特色，也是一个主要的优势。目前排序的方法比较多，最常用的有SUCRA法和P得分法，其中，SUCRA法是最为常用的方法，该值越大为最佳干预措施的可能性越大。

netrank(e.netmeta, small.values = "bad") #可做条形图

##                 P-score
## amitriptyline    0.9840
## mirtazapine      0.8460
## duloxetine       0.8367
## venlafaxine      0.7506
## paroxetine       0.6937
## milnacipran      0.6427
## escitalopram     0.5799
## fluvoxamine      0.5766
## nefazodone       0.5608
## vortioxetine     0.5606
## sertraline       0.5493
## agomelatine      0.5248
## levomilnacipran  0.4607
## vilazodone       0.4374
## bupropion        0.3761
## citalopram       0.3207
## clomipramine     0.2962
## fluoxetine       0.2939
## desvenlafaxine   0.2908
## trazodone        0.2865
## reboxetine       0.1318
## placebo          0.0000

9 漏斗图（funnel plot）

发表偏倚检测实际上是和传统meta分析一致的，主要靠漏斗图来实现。解读方法看是否对称，是一个主观判断。

colors <- c(
agom = "thistle", amit = "lightgreen", 
bupr = "coral3", cita = "cadetblue4", 
clom = "orange3",esci = "pink",
fluv = "dodgerblue4", miln = "goldenrod4", 
mirt = "yellow3", nefa = "darkgrey",
paro = "gray9", rebo = "lightblue3", 
sert = "lightslateblue", traz = "red4", 
venl= "mediumvioletred")

trts_ef <- substr(e.netmeta$trts, 0, 4)
trts_ac <- substr(a.netmeta$trts, 0, 4)
comparison_ef<- trts_ef[trts_ef != "fluo"]
comparison_ac <- trts_ac[trts_ac != "fluo"]
ord_ef<- c(comparison_ef, "fluo")
ord_ac <- c(comparison_ac, "fluo")

然后使用funnel函数进行漏斗图进行绘制:

funnel(netmeta_ef,
       order = ord_ef, 
       pch = rep(19), 
       col = colors, 
       legend = FALSE, 
       linreg = TRUE, 
       text.linreg = "(Egger's test)", 
       pos.tests = "topright")
legend("topleft", 
       legend = comparison_ef, 
       pch = rep(19),
       col = colors, 
       cex = 0.75) 

funnel(
netmeta_ac, 
order = ord_ac, 
pch = rep(19),
col = colors, 
legend = FALSE, 
linreg = TRUE, 
text.linreg = "(Egger's test)", 
pos.tests = "topright")
legend("topleft", 

legend = comparison_ac,
pch = rep(19),
col = colors, 
cex = 0.75)