256位的虚拟机
目前主流的CPU是32位或64位，在这些机器上进行256位运算需要将256位分段成多个64位指令执行，执行效率比32/64位低，在存储上方面，保存一个数需要256位的存储空间，绝大多数情况下会造成浪费。
指令集本身的缺陷
有些指令不够底层，消耗太大，应该被抽象出来，比如与链上信息交互的指令balance address
动态计算gas
执行了一半gas不够，操作回滚，gas仍被扣除，对于虚拟机来说浪费了时间和空间，对用户来说浪费了gas。
不易于扩展
为了提高性能或者增加新指令，目前扩展虚拟机的方法是增加precompile内置合约，这些precompile的合约是hard code在客户端中，需要hard fork才能够升级。也很难统一全网使用相同的包含该precompile合约的客户端。
有限的开发语言和工具
目前以太坊支持的开发智能合约的语言有Solidity，Vyper，LLL等，支持这些新语言需要重新开发编译器和开发工具，这样就需要大量工作并且需要一定时间才能开发出稳定易用的版本，就目前而言开发智能合约的语言和工具跟成熟的开发工具相比还是有差距。