根據數次痛苦的經歷結合stack overflow上的解答，發現原來還是可以使用svn、git之類的版本控制工具管理Sencha Architect生成的項目的。
具體的要點如下，假定項目記作{PROJECT_NAME}：
對於項目文件夾，請編輯相應的ignore文件，使得只保留：
- {PROJECT_NAME}文件夾，即{PROJECT_NAME}.xds文件所在的根目錄下的文件；
- {PROJECT_NAME}/app文件夾 <--這個也許也不需要保留，但是還沒測試過。
- {PROJECT_NAME}/metadata文件夾
然後，又因為通常通過Sencha Architect生成（Build）的目標代碼也會放在網站中（一般大家都是前端ExtJS、後端PHP之類的吧~），所以也需要使用ignore功能忽略掉生成的文件夾。
做了這些，現在就可以安心的使用版本控制啦~
其實根本的原因是，Sencha Architect使用了JSON對項目進行存儲，包括控制器（Controller）之中的代碼，都放在根目錄和matadata裏面的。其他的都是生成出來的（所以我說app文件夾也許也不需要的）。