感谢@这个博客提供的分享
亲测有效，原文：
1.如果要替换的文件直接在war包的根目录(一级目录)下，直接使用jar uvf命令替换即可
如：替换a.war中b.xml文件
jar uvf a.war b.xml
注：b.xml需要和a.war在同一个目录下。
2.如果要替换的文件在war包的二级及以下目录下，则需要以下步骤：
（1）使用jar tvf war名称 | grep 目标文件名 查询出目标文件在war包中的目录
（2）使用jar xvf war名称 目标文件名(copy上面查出的全路径) 将目标文件及所在war包中的目录解压到当前路径
（3）修改目标文件的内容，或者将要新的目标文件替换掉提取出来的目标文件
（4）使用jar uvf war名称 目标文件名（和步骤（2）中的目标文件名相同） 将新目标文件替换到war包中
举例：替换opp.war包中的opp.properties文件
(1)# jar -tvf opp.war |grep opp.properties
6322 Thu Sep 29 12:29:16 CST 2016 WEB-INF/classes/opp.properties
(2)# jar -xvf opp.war WEB-INF/classes/opp.properties
已解压: WEB-INF/classes/opp.properties
# ll
-rw-r--r--. 1 opp opp 4426 8月 20 10:43 opp.properties #新的opp.properties文件
-rw-rw-r--. 1 opp opp 114896942 10月 12 09:48 opp.war
drwxr-xr-x. 3 root root 20 12月 28 10:29 WEB-INF #解压出来的opp.proerties文件（连带目录结构也解压出来了）
(3)# cp opp.properties WEB-INF/classes/
cp：是否覆盖"WEB-INF/classes/opp.properties"？ yes
(4)# jar -uvf opp.war WEB-INF/classes/opp.properties
正在添加: WEB-INF/classes/opp.properties(输入 = 4426) (输出 = 1892)(压缩了 57%)
附：jar的用法：
用法: jar {ctxui}[vfmn0PMe] [jar-file] [manifest-file] [entry-point] [-C dir] files ...
选项:
-c 创建新档案
-t 列出档案目录
-x 从档案中提取指定的 (或所有) 文件
-u 更新现有档案
-v 在标准输出中生成详细输出
-f 指定档案文件名
-m 包含指定清单文件中的清单信息
-n 创建新档案后执行 Pack200 规范化
-e 为捆绑到可执行 jar 文件的独立应用程序
指定应用程序入口点
-0 仅存储; 不使用任何 ZIP 压缩
-P 保留文件名中的前导 '/' (绝对路径) 和 ".." (父目录) 组件
-M 不创建条目的清单文件
-i 为指定的 jar 文件生成索引信息
-C 更改为指定的目录并包含以下文件
如果任何文件为目录, 则对其进行递归处理。
清单文件名, 档案文件名和入口点名称的指定顺序
与 'm', 'f' 和 'e' 标记的指定顺序相同。
示例 1: 将两个类文件归档到一个名为 classes.jar 的档案中:
jar cvf classes.jar Foo.class Bar.class
示例 2: 使用现有的清单文件 'mymanifest' 并
将 foo/ 目录中的所有文件归档到 'classes.jar' 中:
jar cvfm classes.jar mymanifest -C foo/ .
注：jar后面使用选项时，可以带-也可以不带-，作用是一样的。注意：看命令原文是Linux系统下的，有如下亮点：
1第一步查找指定文件路径时grepwindows下可能会报‘grep不是内部或外部命令**云云’改用findstr就行
2第三步覆盖文件时windows系统下的命令是move，不是cp
示例：将zhangTest移动到war包下WEB-INF\classes\controller目录下进行替换
移动之后多了个WEB-INF（第2步就已经解压出来），原zhangTest.class不见了，替换进了war包中
可以看到war包中的时间变了