订单数据在ggplot2中绘制barplot

本文介绍了订单数据在ggplot2中绘制barplot的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！ 问题描述 29岁程序员，3月因学历无情被辞！ 我需要建立我的数据的barplot，显示不同样本中的细菌相对丰度（每个列在总数据集中总和应为1）。 子集我的数据： > mydata Taxon CD6 CD1 CD12 Actinomycetaceae; g__Actinomyces 0.031960309 0.066683743 0.045638509 Coriobacteriaceae; g__Atopobium 0.018691589 0.003244536 0.00447774 棒状杆菌科; g__棒状杆菌0.001846083 0.006403689 0.000516662 Micrococcaceae; g__Rothia 0.001730703 0.000426913 0.001894429 Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas 0.073497173 0.065915301 0.175406872 （CD6，CD1，CD12），其中y值是细菌种类的相对丰度（Taxon列）。 I认为（但我不确定）我的数据格式不适合做这个情节，因为我没有一个变量来组合，就像我发现的例子一样...... 有没有一种方法可以将数据排序为正确的inp ut到这个代码？ 或者我该如何修改它？ Thanks！解决方案你想要这样的东西吗？ ＃sample data df Taxon CD6 CD1 CD12 Actinomycetaceae; g__Actinomyces 0.031960309 0.066683743 0.045638509 Coriobacteriaceae; g__Atopobium 0.018691589 0.003244536 0.00447774 Corynebacteriaceae; g__Corynebacterium 0.001846083 0.006403689 0.000516662 Micrococcaceae; g__Rothia 0.001730703 0.000426913 0.001894429 Porphyromonadaceae; g__Porphyromonas 0.073497173 0.065915301 0.175406872） ＃将宽数据格式转换为长格式 require（reshape2） df.long measure.vars = grep（CD \\d +，names（df），val = T）， variable.name =sample， value.name =value） ＃计算比例 require（plyr） df.long< - ddply（df.long，。（sample）， transform，value = value / sum（value）） ＃以id 的顺序排列样本df.long $ sample< - reorder（df.long $ sample，as.numer ic（sub（CD，，df.long $ sample））） ＃plot using ggplot require（ggplot2） ggplot（df.long，aes （x = sample，y = value，fill = Taxon））+ geom_bar（stat =identity）+ scale_fill_manual（values = scales :: hue_pal（h = c（0,360）+ 15，＃添加手动颜色c = 100，l = 65， h.start = 0， direction = 1）（length（levels（df $ Taxon））））） I need to build a barplot of my data, showing bacterial relative abundance in different samples (each column should sum to 1 in the complete dataset).A subset of my data:> mydataTaxon CD6 CD1 CD12Actinomycetaceae;g__Actinomyces 0.031960309 0.066683743 0.045638509Coriobacteriaceae;g__Atopobium 0.018691589 0.003244536 0.00447774Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium 0.001846083 0.006403689 0.000516662Micrococcaceae;g__Rothia 0.001730703 0.000426913 0.001894429Porphyromonadaceae;g__Porphyromonas 0.073497173 0.065915301 0.175406872What I'd like to have is a bar for each sample (CD6, CD1, CD12), where the y values are the relative abundance of bacterial species (the Taxon column).I think (but I'm not sure) my data format is not right to do the plot, since I don't have a variable to group by like in the examples I found...Is there a way to order my data making them right as input to this code?Or how can I modify it?Thanks! 解决方案 Do you want something like this? # sample datadf <- read.table(header=T, sep=" ", text="Taxon CD6 CD1 CD12Actinomycetaceae;g__Actinomyces 0.031960309 0.066683743 0.045638509Coriobacteriaceae;g__Atopobium 0.018691589 0.003244536 0.00447774Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium 0.001846083 0.006403689 0.000516662Micrococcaceae;g__Rothia 0.001730703 0.000426913 0.001894429Porphyromonadaceae;g__Porphyromonas 0.073497173 0.065915301 0.175406872")# convert wide data format to long formatrequire(reshape2)df.long <- melt(df, id.vars="Taxon", measure.vars=grep("CD\\d+", names(df), val=T), variable.name="sample", value.name="value")# calculate proportionsrequire(plyr)df.long <- ddply(df.long, .(sample), transform, value=value/sum(value))# order samples by iddf.long$sample <- reorder(df.long$sample, as.numeric(sub("CD", "", df.long$sample)))# plot using ggplotrequire(ggplot2)ggplot(df.long, aes(x=sample, y=value, fill=Taxon)) + geom_bar(stat="identity") + scale_fill_manual(values=scales::hue_pal(h = c(0, 360) + 15, # add manual colors c = 100, l = 65, h.start = 0, direction = 1)(length(levels(df$Taxon)))) 这篇关于订单数据在ggplot2中绘制barplot的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！ 上岸，阿里云！