在 Snakemake 脚本中使用 argparse

问题描述

是否可以将自定义命令行参数传递给 snakemake 脚本?我已经尝试过了，但是使用 argparse 执行 Snakefile 会导致错误 snakemake: error: unrecognized arguments: -zz.下面是一个示例脚本.

导入 argparsedef get_args():parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval')# 必需的主要参数parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True)# 解析参数args = parser.parse_args()fn = args.fn返回 fnfn = get_args()规则测试_1:输入:fn + "/example.txt"贝壳:回声使用文件{输入}"

解决方案

从命令行传递参数是 可能使用 --config.例如:

snakemake --config zz="文件名"

在snakefile脚本中，可以这样使用:

 规则 test_1:输入:fn + 配置['zz']贝壳:回声使用文件{输入}"

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Is it possible to pass custom command line arguments to snakemake scripts? I have tried, but executing Snakefile with argparse results in error snakemake: error: unrecognized arguments: -zz. Below is an example script.

import argparse

def get_args():
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval')

    # required main arguments
    parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True)

    # parse arguments
    args = parser.parse_args()

    fn = args.fn
    return fn

fn = get_args()

rule test_1:
    input:
        fn + "/example.txt"
    shell:
        "echo Using file {input}"

解决方案

Passing arguments from command line is possible using --config. For example:

snakemake --config zz="filename"

In snakefile script, this can be used in this way:

rule test_1:
    input:
        fn + config['zz']
    shell:
        "echo Using file {input}"

See the doc for more info.

这篇关于在 Snakemake 脚本中使用 argparse的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！