2L

2L

关注
发信
关注(28)粉丝(399)

更新Rstudio 1.1.383之后，我有ggplot出错

本文介绍了更新Rstudio 1.1.383之后，我有ggplot出错的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！ 问题描述 我刚刚将RStudio从0.99.896更新为1.1.383（最新版本），工作在Ubuntu 16.4上。 在更新之前，我写了一个分析脚本其中我使用 akima 和 ggplot2 绘制了一个数据集的插值。 这是脚本： require（akima）#this包内插值 require（ （％P（P10，P11，P12c））&！ Class_size == 0.3） Space2 & Class_size == 0.3 & Time ==D） Space< - rbind（Space1，Space2） duplicate（Space） attach（Space） fld< - （空格，interp（x = Longitud.E。，y = Latitude.S。，z = Chla2017_mean，duplicate =mean）） gdat< - interp2xyz（fld，data.frame = TRUE） ggplot（gdat）+ aes（x = x，y = y，z = z，fill = z）+ geom_tile（）+ #coord_equal（）+ geom_contour（color =white，alpha = 0.5）+ scale_fill_distiller（palette =Spectral，na.value =白色，限制= c（0,0.35））+ scale_y_reverse（）+ theme_bw（）+ ggtitle（叶绿素a（班级规模0.3-2.7微米））+ ylab（Latitude S）+ xlab（Longitude E）+ labs（fill =Chl-a（mg / m3））+ geom_point（data = Space， mapping = aes（Longitud.E。，Latitude.S。），shape = 1） 真的很好，但更新后，我有这个错误按摩： 在FUN（X [[i]]中的错误，.. .. 。）：找不到对象'z' 这些是gdat和fld的结构： str（gdat）'data.frame'：1600 obs。 3个变量： $ x：数37.3 37.3 37.4 37.4 37.4 ... $ y：数45.7 45.7 45.7 45.7 45.7 ... $ z：数量不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用... > str（fld）列表3 $ x：num [1:40] 37.3 37.3 37.4 37.4 37.4 ... $ y：num [1:40] 45.7 45.8 45.8 45.9 45.9 ... $ z：num [1:40，1:40]不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用不适用... ... 这里以一个我称之为ChlaMD2的数据集的子表为例 > ;输入（ChlaMD2）结构（列表（站点=结构（c（1L，2L，3L，4L，5L，6L， 7L，9L，9L，10L，10L，8L，11L，12L， 13L，13L，14L，14L，14L， 15L，15L，16L，17L，18L，20L，20L，20L，20L，20L，20L，20L，20L， 20L，20L，20L， 20L，20L，20L，20L，20L，20L，20L，21L，21L，21L， 21L，21L，21L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L， 22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，22L，23L，23L，23L，23L，23L， 23L，23L，19L），标签= c（C12 C23，C27，C30，C35，，C53，C57，D1，D11，D12，D2，D3，D4 D5D6D7D8D9H1H13H17H18H19H2 H20，，H21，H3，H4，H5，H7，P10，P11，P12，P12c，class = ），时间=结构（c（2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L， 2L，2L，3L，2L，2L，2L，2L， 2L，2L，2L，2L，2L，2L，3L，3L， 3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L， 3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，2L，2L，2L，2L，2L，2L， 2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，2L，标签= c（，D，N），class =factor）， Class_size = c（0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3， 0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3， 0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,0.3,25 ，25,25， 25,25,25,2.7,2.7,2.7,2.7,2.7,2.7,0.3,0.3,25,25， 2.7,2.7,0.3,0.3,0.3,0.3 ，0.3,0.3,25,25,25,25,25， 25,2.7,2.7,2.7,2.7,2.7,2.7,0.3,0.3,0.7,25,25， 2.7,2.7 ，0.3），Depth = c（1,1,10,10,40,10,10,10,50， 10.1,25.4,10,5.5,10,10,35,10,15， 10,10，10,10,10，10，10，100，150，30，40，60，10，100，150，30，40，60，$ b $ 10,100,150,30， 40,60,10,60,10,60,10,60,10,100， 20,40,60,80,10,100,20,40,60,80,10,100,20， 40， 60，80，10，50，10，10，50，10，50，30），Latitude.S。 = C（46.7861666666667， 46.8812166666667，46.7836333333333，46.8828666666667，46.7471666666667， 46.9049166666667，47.021，46.6074，46.6074，46.8082333333333， 46.8082333333333，46.80335，46.7286833333333，46.7286833333333， 46.8039666666667，46.8039666666667 ，46.80175，47.80175，48.80175， 46.8032166666667,46.8032166666667,46.7251666666667,46.85855， 46.8078333333333,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498， 46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498 ，46.7498， 46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.7498,46.74985， 46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985， 46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985 ，46.74985， 46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985， 46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985， 46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985,46.74985 ， 45.7494），Longitud.E 。 = C（37.8826666666667，37.8811166666667， 38.0012833333333，37.91525，37.799，37.5724833333333，37.942， 37.9704，37.9704，38.0699666666667，38.0699666666667，37.98505， 37.7509666666667，37.7509666666667，37.9852，37.9852，37.8366166666667， 38.8366166666667，39.8366166666667，37.9857833333333，37.9857833333333， 38.07365，38.0585833333333，38.0727，38.5003666666667，38.5003666666667， 38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667， 38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667， 38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667， 38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667，38.5003666666667， 38.3001666666667，38.3001666666667，38.3001666666667，38.3001666666667， 38.3001666666667，38.3001666666667，38.1007，38.1007，38.1007， 38.1007,38.1007,38.1007,38.1007,38.1007,38.1007,38.1007， 3 （b），b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。，b。 0.946057215301194， -0.735763592835187，-0.721930224211009，-0.743435200089837， -1.02003987926121，-0.738912060933631，-0.685963597586669， -0.997636902853672，-0.643630322972336，-0.669377265328764， -0.664963978099764，-0.912380457471698 ，-0.654771449880747， -0.658883141830635，-0.333377057394302，-0.834435774509827， -0.608164121834402，-0.601054836622574，-0.601054836622574， -0.433924828117425，-0.423546688240005，-0.674419537322733， -0.750411161442486， -0.725080930111579，-0.935910556294799， -0.817942131498285，-1.02383834665726，-0.892403896151859， -0.808467536615044，-0.884840160205845，-1.0603345408323， -1.0786705 2090535，-1.11040448340463，-1.09645994731746， -1.06683594257792，-1.07149832401568，-1.00312051998841， -0.892390049851206，-1.0156562515399，-0.845436000058676， -0.77307928664173，-0.898018165946667，-0.848289249417617， -0.810493908599841，-1.09301597219965，-1.10655481387971， -0.85745513293466，-0.876433420431031，-0.661357685769219， -0.86379511602107，-0.671973895984953，-0.612517223135917， -0.53238050140151，-0.766900709336143，-1.07529825124183， -1.11868087013396，-1.09598460061627，-1.0797581766586，-1.09630430291743， -1.10204233962275，-0.773288219842876，-0.897549491056236， -0.781499768825993，-0.644915965716444，-0.612259094442557， -0.827935663448589，-0.410489183767067 ，-0.487960331090299， -0.439197104297121，-1.06520799675057，-1.08484214393861， -0.548500319979572，-0.559953402295738，-0.62854993920894 ）），.Names = c（Station，Time， C lass_size，Depth，Latitude.S。，Longitud.E，Chla2017_mean），row.names = c（NA， 74L），class =data。框架） 解决方案 geom_point 在最后一行是从第一个aes继承aes，它具有 z 作为填充。我们需要使用 inherit.aes = FALSE ： ggplot（gdat ）+ aes（x = x，y = y，z = z，fill = z）+ geom_tile（）+ geom_contour（color =white，alpha = 0.5）+ geom_point（data = Space，mapping = aes（Longitud.E。，Latitude.S。）， shape = 1，inherit.aes = FALSE）+ scale_fill_distiller（palette =Spectral ，na.value =white）+ scale_y_reverse（）+ theme_bw（）+ ggtitle（Chlorophyll-a（class size 0.3-2.7 um））+ ylab（Latitude S）+ xlab（Longitude E）+ labs（fill =Chl-a（mg / m3）） pre> 对您的代码进行小的更改： ，主题，实验室等。 我删除了 scale_fill_distiller 中的限制 I just updated RStudio from version 0.99.896 to 1.1.383 (the latest) working on Ubuntu 16.4.Before to update, I wrote a script of analysis in which I plot an interpolation of a data set using akima and ggplot2.this is the script:require(akima) #this package interpolate valuesrequire(ggplot2)Space1 <- subset(x = ChlaMD2, Depth <= 14 & !(Station %in% c("P10","P11","P12c")) & Class_size == 0.3) Space2 <- subset(x = ChlaMD2, Depth <= 14 & Station %in% c("P10","P11") & Class_size == 0.3 & Time == "D") Space <- rbind(Space1,Space2)duplicated(Space)attach(Space)fld <- with(Space, interp(x = Longitud.E., y = Latitude.S., z = Chla2017_mean,duplicate = "mean"))gdat <- interp2xyz(fld, data.frame=TRUE)ggplot(gdat) + aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + geom_tile() + #coord_equal() + geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white",limits=c(0,0.35)) + scale_y_reverse()+ theme_bw()+ ggtitle("Chlorophyll-a (class size 0.3-2.7 um)")+ ylab("Latitude S") + xlab("Longitude E")+ labs(fill = "Chl-a (mg/m3)")+ geom_point(data = Space, mapping = aes(Longitud.E.,Latitude.S.),shape=1)It worked really well, but after the updating I have this error massage:Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'z' not foundthese are the structures of gdat and fld:str(gdat)'data.frame': 1600 obs. of 3 variables: $ x: num 37.3 37.3 37.4 37.4 37.4 ... $ y: num 45.7 45.7 45.7 45.7 45.7 ... $ z: num NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...> str(fld)List of 3 $ x: num [1:40] 37.3 37.3 37.4 37.4 37.4 ... $ y: num [1:40] 45.7 45.8 45.8 45.9 45.9 ... $ z: num [1:40, 1:40] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...Here as an example a subtable of my dataset that I called ChlaMD2> dput(ChlaMD2)structure(list(Station = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 9L, 9L, 10L, 10L, 8L, 11L, 12L, 13L, 13L, 14L, 14L, 14L, 15L, 15L, 16L, 17L, 18L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 21L, 21L, 21L, 21L, 21L, 21L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 23L, 23L, 23L, 23L, 23L, 23L, 23L, 19L), .Label = c("C12", "C23", "C27", "C30", "C35", "C53", "C57", "D1", "D11", "D12", "D2", "D3", "D4", "D5", "D6", "D7", "D8", "D9", "H1", "H13", "H17", "H18", "H19", "H2", "H20", "H21", "H3", "H4", "H5", "H7", "P10", "P11", "P12", "P12c"), class = "factor"), Time = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("", "D", "N"), class = "factor"), Class_size = c(0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 25, 25, 25, 25, 25, 25, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 0.3, 0.3, 25, 25, 2.7, 2.7, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 25, 25, 25, 25, 25, 25, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 2.7, 0.3, 0.3, 0.7, 25, 25, 2.7, 2.7, 0.3), Depth = c(1, 1, 10, 10, 40, 10, 10, 10, 50, 10.1, 25.4, 10, 10.5, 10, 10, 35, 10, 15, 15, 10, 107, 9.8, 10, 10, 10, 100, 150, 30, 40, 60, 10, 100, 150, 30, 40, 60, 10, 100, 150, 30, 40, 60, 10, 60, 10, 60, 10, 60, 10, 100, 20, 40, 60, 80, 10, 100, 20, 40, 60, 80, 10, 100, 20, 40, 60, 80, 10, 50, 10, 10, 50, 10, 50, 30), Latitude.S. = c(46.7861666666667, 46.8812166666667, 46.7836333333333, 46.8828666666667, 46.7471666666667, 46.9049166666667, 47.021, 46.6074, 46.6074, 46.8082333333333, 46.8082333333333, 46.80335, 46.7286833333333, 46.7286833333333, 46.8039666666667, 46.8039666666667, 46.80175, 47.80175, 48.80175, 46.8032166666667, 46.8032166666667, 46.7251666666667, 46.85855, 46.8078333333333, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.7498, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 46.74985, 45.7494), Longitud.E. = c(37.8826666666667, 37.8811166666667, 38.0012833333333, 37.91525, 37.799, 37.5724833333333, 37.942, 37.9704, 37.9704, 38.0699666666667, 38.0699666666667, 37.98505, 37.7509666666667, 37.7509666666667, 37.9852, 37.9852, 37.8366166666667, 38.8366166666667, 39.8366166666667, 37.9857833333333, 37.9857833333333, 38.07365, 38.0585833333333, 38.0727, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.5003666666667, 38.3001666666667, 38.3001666666667, 38.3001666666667, 38.3001666666667, 38.3001666666667, 38.3001666666667, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 38.1007, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.9009666666667, 37.2994833333333), Chla2017_mean = c(-0.946057215301194, -0.735763592835187, -0.721930224211009, -0.743435200089837, -1.02003987926121, -0.738912060933631, -0.685963597586669, -0.997636902853672, -0.643630322972336, -0.669377265328764, -0.664963978099764, -0.912380457471698, -0.654771449880747, -0.658883141830635, -0.333377057394302, -0.834435774509827, -0.608164121834402, -0.601054836622574, -0.601054836622574, -0.433924828117425, -0.423546688240005, -0.674419537322733, -0.750411161442486, -0.725080930111579, -0.935910556294799, -0.817942131498285, -1.02383834665726, -0.892403896151859, -0.808467536615044, -0.884840160205845, -1.0603345408323, -1.07867052090535, -1.11040448340463, -1.09645994731746, -1.06683594257792, -1.07149832401568, -1.00312051998841, -0.892390049851206, -1.0156562515399, -0.845436000058676, -0.77307928664173, -0.898018165946667, -0.848289249417617, -0.810493908599841, -1.09301597219965, -1.10655481387971, -0.85745513293466, -0.876433420431031, -0.661357685769219, -0.86379511602107, -0.671973895984953, -0.612517223135917, -0.53238050140151, -0.766900709336143, -1.07529825124183, -1.11868087013396, -1.09598460061627, -1.0797581766586, -1.09630430291743, -1.10204233962275, -0.773288219842876, -0.897549491056236, -0.781499768825993, -0.644915965716444, -0.612259094442557, -0.827935663448589, -0.410489183767067, -0.487960331090299, -0.439197104297121, -1.06520799675057, -1.08484214393861, -0.548500319979572, -0.559953402295738, -0.62854993920894 )), .Names = c("Station", "Time", "Class_size", "Depth", "Latitude.S.", "Longitud.E.", "Chla2017_mean"), row.names = c(NA, 74L), class = "data.frame") 解决方案 geom_point on the last line is inheriting aes from first aes which has z as fill. We need to use inherit.aes = FALSE:ggplot(gdat) + aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + geom_tile() + geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + geom_point(data = Space, mapping = aes(Longitud.E., Latitude.S.), shape = 1, inherit.aes = FALSE) + scale_fill_distiller(palette = "Spectral", na.value = "white") + scale_y_reverse() + theme_bw() + ggtitle("Chlorophyll-a (class size 0.3-2.7 um)") + ylab("Latitude S") + xlab("Longitude E") + labs(fill = "Chl-a (mg/m3)") Minor changes to your code:I prefer geoms first then scale, theme, labs, etc. I removed the limits in scale_fill_distiller 这篇关于更新Rstudio 1.1.383之后，我有ggplot出错的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！
10-27 21:54
Powered by LMLPHP ©2024 2L 0.001899