将图用于R中的多个图

问题描述

假设我有一个名为w1 w2 w3 w4 .............. w100的图形，总共有100个这样的图形，如果我想计算这些图形的modularity，那么有没有什么方法可以让我编写一个函数，使它计算每个图形的模数并返回一个数值向量，或者我们必须为每个文件手动计算它(我现在正在做的方式)？

我使用的作图代码：

wt=read.table("NP7.txt")
wt1=matrix(nrow=nrow(wt), ncol=2)     
wt1=data.frame(wt1)
wt1[,1:2]=wt[,1:2]      
write.table(wt1,"test.txt")
library(igraph)
wt=read.table("test.txt")
wg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt$X1), as.character(wt$X2)),
                 directed=F)
sum(clusters(wg7)$csize>2)        
plot(wg7)

我有大约100个像NP1.txt NP2.txt ........... NP100.txt这样的文件，我必须为它们绘制图表。并且我当前将图形名称保存为wg1 wg2 wg3 ............. wg100。

推荐答案

所以看起来您的文本文件有边缘列表，没有标题行。那么这应该相当接近了。

library(igraph)
files <- paste0("NP",1:100,".txt")
f.mod <- function(file) {
  w <- read.table(file)
  g <- graph.edgelist(cbind(as.character(w$V1),as.character(w$V2)))
  plot(g)
  wtc <- walktrap.community(g)
  return(modularity(wtc))
}
mods <- sapply(files,f.mod)

如果需要图表列表，请执行以下操作：

get.igraph <- function(file) {
  w <- read.table(file)
  g <- graph.edgelist(cbind(as.character(w$V1),as.character(w$V2)))
}
graphs <- lapply(files,get.igraph)
lapply(graphs,plot)
mods   <- sapply(graphs,function(g)modularity(walktrap.community(g)))

这篇关于将图用于R中的多个图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！