本文介绍了将FASTA读入数据帧并提取FASTA文件的子序列的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！
问题描述
我有一个小的 fasta DNA序列文件，看起来像这样:
I have a small fasta file of DNA sequences which looks like this:
>NM_000016 700 200 234
ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC
>NM_000775 700 124 236
CTAACCTCTCCCAGTGTGGAACCTCTATCTCATGAGAAAGCTGGGATGAG
>NM_003820 700 111 222
ATTTCCTCCTGCTGCCCGGGAGGTAACACCCTGGACCCCTGGAGTCTGCA
问题:
1)如何将Fasta文件作为数据帧读入R，其中每一行是一个序列记录，第一列是refseqID，第二列是序列.
1) How can I read this fasta file into R as a dataframe where each row is a sequence record, the 1st column is the refseqID and the 2nd column is the sequence.
2)如何在(开始，结束)位置提取子序列?
2) How to extract subsequence at (start, end) location?
NM_000016 1 3 #"ACA"
NM_000775 2 6 #"TAACC"
NM_003820 3 5 #"TTC"
推荐答案
您应该看看包.
library("Biostrings")
s = readDNAStringSet("nm.fasta")
subseq(s, start=c(1, 2, 3), end=c(3, 6, 5))
这篇关于将FASTA读入数据帧并提取FASTA文件的子序列的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！