R/Sweave 参数

问题描述

我正在使用 R 和 Sweave 生成​​报告.

R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能够向 R 代码发送参数，因为报告当然是动态".所以，我希望能够执行以下操作:>

R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5

...并让 R 代码读取变量中的 PatientId 值...

我该怎么做?有人提到使用环境变量，但这似乎是一个不优雅的解决方案.

解决方案

要获取从 R 命令行传递的参数，可以使用函数 commandArgs()，但不幸的是 R CMD Sweave 不支持额外的命令行选项.但是，您仍然可以通过 R -e 调用 Sweave，例如

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

在 MyReport.Rnw 中，您对 commandArgs(TRUE) 进行了一些文本处理，它为您提供了一个字符串 PatientId=1这种情况.

但我认为更好的做法是在 R 脚本中直接使用函数Sweave()；例如在这种情况下，您可以在像

这样的脚本中编写流程

PatientId 

并且在MyReport.Rnw 中，您可以直接使用全局变量PatientId.如果您想生成一系列报告，您甚至可以为 PatientId 使用循环.

I'm using R and Sweave to generate a report.

I want to be able to send arguments to the R code because the report is , of course, "Dynamic".So, I would like to be able to do something like this:

...and have the R code read the PatientId value in a variable...

How do I do this? Somebody mentioned using environment variables but that's seems like a non-elegant solution.

解决方案

To get arguments passed from R command line, you can use the function commandArgs(), but unfortunately R CMD Sweave does not support extra command line options. However, you can still call Sweave by R -e, e.g.

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

In MyReport.Rnw, you do some text processing on commandArgs(TRUE), which gives you a character string PatientId=1 in this case.

But I believe a better practice is to use the function Sweave() in an R script directly; e.g. in this case you can write the process in a script like

PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")

and in MyReport.Rnw you use the global variable PatientId directly. If you want to generate a series of reports, you can even use a loop for PatientId.

这篇关于R/Sweave 参数的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！