如何计算向量集合之间的成对欧几里得距离

问题描述

我有一个这样的 pandas 数据框。其中索引为pd.DatetimeIndex，列为时间序列。

2020-08-17	133.23	2457.45	-4676
2020-08-18	-982	-6354.56	-245.657
2020-08-19	5678.642	245.2786	2461.785
2020-08-20	-2394	154.34	-735.653
2020-08-20	236	-8876	-698.245

我需要计算所有柱彼此之间的欧几里得距离。即(x_1-x_2)、(x_1-x_3)、(x_2-x_3)，并返回如下正方形数据帧：(请注意，此表中的值只是一个示例，不是欧几里德距离的实际结果)

x_1	0	123	456
x_2	123	0	789
x_3	456	789	0

我尝试了this资源，但我不知道如何传递我的df的列。如果理解正确，该示例将行作为序列传递，以计算ED。

推荐答案

实现这一点的明确方法是：

from itertools import combinations

import numpy as np

dist_df = pd.DataFrame(index=df.columns, columns=df.columns)

for col_a, col_b in combinations(df.columns, 2):
    dist = np.linalg.norm(df[col_a] - df[col_b])
    dist_df.loc[col_a, col_b] = dist
    dist_df.loc[col_b, col_a] = dist

print(dist_df)

输出

              x_1           x_2           x_3
x_1           NaN  12381.858429   6135.306973
x_2  12381.858429           NaN  12680.121047
x_3   6135.306973  12680.121047           NaN

如果希望0而不是NaN使用DataFrame.fillna：

dist_df.fillna(0, inplace=True)

这篇关于如何计算向量集合之间的成对欧几里得距离的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持！