我想使用py2cytoscape包自动在cytoscape中保存视图。
from py2cytoscape import cyrest
cytoscape = cyrest.cyclient()
cytoscape.network.load_file("FILENAME.cyjs")
cytoscape.vizmap.apply(styles="default")
cytoscape.network.set_current(network="FILENAME")
cytoscape.layout.apply_preferred()
cytoscape.view.set_current(network="FILENAME")
cytoscape.view.fit_content()
cytoscape.network.deselect(nodeList='all', edgeList='all')
cytoscape.view.export(options="PDF", OutputFile="FILENAME")
输出如下：
ValueError: {'status': 500, 'type': 'urn:cytoscape:ci:cyrest-core:v1:handle-json-command:errors:2', 'message': 'java.lang.NullPointerException', 'link': 'file:/Users/mgruzynski/CytoscapeConfiguration/3/framework-cytoscape.log'}
我尝试遵循（导出高分辨率图像文件）：
https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/blob/master/for-scripters/Python/advanced-cancer-networks-and-data.ipynb，但收到上面显示的错误。
最佳答案
Cytoscape 3.7.1进行了一些小的更改
请从开发分支安装py2cytoscape
pip uninstall py2cytoscape
pip install git+https://github.com/cytoscape/py2cytoscape.git --user
然后使用
cytoscape.view.export(options="PDF", outputFile="FILENAME")
关于python-3.x - py2cytoscape-自动保存 View ，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/54411663/