我有一个执行BLAST查询的脚本(bl2seq)
该脚本的工作方式如下:
程序bl2seq不支持管道。
有什么方法可以做到这一点，并避免写入/读取硬盘驱动器？
我正在使用Python BTW。
最佳答案
您怎么知道bl2seq不支持管道。顺便说一句，管道是OS的功能，而不是程序的功能。如果bl2seq程序向STDOUT或文件输出了某些内容，则应该能够解析该输出。检查bl2seq的帮助文件中是否有输出到文件的选项，例如-o选项。然后，您可以解析文件。
另外，由于您使用的是Python，因此可以使用的替代方法是BioPython模块。
关于python - 在不创建序列文件的情况下运行BLAST(bl2seq)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/2248016/