linux - 如何从终端窗口启动IGV

我已经成功地使用终端安装了igv程序，但有一段时间以来，无论我尝试什么，都无法启动它。要达到这一点，有哪些必要的命令？
sudo apt install IGV工作正常，命令输出运行正常。
到目前为止，我已经安装了多次，试图找出什么是问题，但我没有得到任何地方。
有人能帮我吗？

最佳答案

注意：我建议您在执行以下步骤之前删除以前安装的igv包，以避免冲突。简单地执行：

$ sudo apt remove --purge igv

首先，您至少需要安装Java 11（因为与以前的版本不兼容）。
安装默认的jre/jdk
安装java最简单的选择是使用ubuntu打包的版本。默认情况下，ubuntu 18.04包含open jdk，它是jre和jdk的开源变体。
要安装此版本，请首先更新包索引并升级系统：

$ sudo apt update && apt upgrade

接下来，检查是否已安装Java：

$ java -version

如果当前未安装Java，您将看到类似的输出：

bash: java: Command not found.

执行以下命令安装openjdk：

$ sudo apt install default-jre

此命令将安装Java运行时环境（JRE）。然后你就可以运行几乎所有的Java软件了。
现在使用以下命令验证安装：

$ java -version

您将看到以下输出（版本可能不同）：

openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)

下一步是download IGV并将文件解压缩到您选择的位置（例如/opt）。
然后在终端中打开该目录（通过“在终端中打开”）或启动终端并通过cd命令切换到该目录（目录的名称可能不同）：

$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0

要启动igv（从命令行），请执行以下操作：

$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main

或者，可以使用igv.sh目录中的脚本IGV_Linux_2.5.0启动igv。您可能必须首先通过键入以下命令使脚本可执行：

$ sudo chmod a+x igv.sh

注意：与以前的版本相比，Java11的命令行变得更加复杂了。

关于linux - 如何从终端窗口启动IGV，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/55328194/