我正在尝试编写一些代码，该代码将使用包含某些样品名称的.csv文件作为输入，并输出包含样品名称和96孔板或384孔板格式(A1，B1，C1的data.frame)。 ..)。对于那些不知道的人，一个96孔板有8个按字母顺序标记的行(A，B，C，D，E，F，G，H)和12个以数字标记的列(1:12)，而一个384孔板则具有16行字母标记的行(A:P)和24个数字标记的列(1:24)。我正在尝试编写一些代码，这些代码将生成这两种格式中的任何一种(可以有两种不同的功能来执行此操作)，以允许将样品标记为DOWN(A1，B1，C1，D1，E1，F1，G1，H1 ，A2 ...)或ACROSS(A1，A2，A3，A4，A5 ...)。
到目前为止，我已经弄清楚了如何轻松获得行名
rowLetter <- rep(LETTERS[1:8], length.out = variable)
#variable will be based on how many samples I have
我只是无法弄清楚如何使数字列名称正确应用...我已经尝试过:
colNumber <- rep(1:12, times = variable)
但这不是那么简单。如果您要“向下”，则必须在col编号增加1之前填充所有8行，如果要“ACROSS”，则必须在行字母增加1之前填充所有12列。
编辑:
这是一个笨拙的版本。它需要您拥有的样本数量，尚无法使用的“板格式”和方向，并将返回带有孔和板号的data.frame。接下来，我将要进行以下操作:a)固定板的格式，使其能够正常工作，并且b)使此功能能够获取样品名称或ID或其他名称的列表，并返回样品名称，孔位和板号!
plateLayout <- function(numOfSamples, plateFormat = 96, direction = "DOWN"){
#This assumes that each well will be filled in order. I may need to change this, but lets get it working first.
#Calculate the number of plates required
platesRequired <- ceiling(numOfSamples/plateFormat)
rowLetter <- character(0)
colNumber <- numeric(0)
plateNumber <- numeric(0)
#The following will work if the samples are going DOWN
if(direction == "DOWN"){
for(k in 1:platesRequired){
rowLetter <- c(rowLetter, rep(LETTERS[1:8], length.out = 96))
for(i in 1:12){
colNumber <- c(colNumber, rep(i, times = 8))
}
plateNumber <- c(plateNumber, rep(k, times = 96))
}
plateLayout <- paste0(rowLetter, colNumber)
plateLayout <- data.frame(plateLayout, plateNumber)
plateLayout <- plateLayout[1:numOfSamples,]
return(plateLayout)
}
#The following will work if the samples are going ACROSS
if(direction == "ACROSS"){
for(k in 1:platesRequired){
colNumber <- c(colNumber, rep(1:12, times = 8))
for(i in 1:8){
rowLetter <- c(rowLetter, rep(LETTERS[i], times = 12))
}
plateNumber <- c(plateNumber, rep(k, times = 96))
}
plateLayout <- paste0(rowLetter, colNumber)
plateLayout <- data.frame(plateLayout, plateNumber)
plateLayout <- plateLayout[1:numOfSamples,]
return(plateLayout)
}
}
是否有人对还有什么其他想法感到高兴？我将使用此函数来生成.csv或.txt文件，以用作不同乐器的样品名称导入，因此我在“出色功能”方面会受到一定的限制，但我认为使用ggplot会很酷制作一个显示板和样品名称的图形？
最佳答案
您不需要for循环。这是一个开始:
#some sample ids
ids <- c(LETTERS, letters)
#plate size:
n <- 96
nrow <- 8
samples <- character(n)
samples[seq_along(ids)] <- ids
samples <- matrix(samples, nrow=nrow)
colnames(samples) <- seq_len(n/nrow)
rownames(samples) <- LETTERS[seq_len(nrow)]
# 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
# A "A" "I" "Q" "Y" "g" "o" "w" "" "" "" "" ""
# B "B" "J" "R" "Z" "h" "p" "x" "" "" "" "" ""
# C "C" "K" "S" "a" "i" "q" "y" "" "" "" "" ""
# D "D" "L" "T" "b" "j" "r" "z" "" "" "" "" ""
# E "E" "M" "U" "c" "k" "s" "" "" "" "" "" ""
# F "F" "N" "V" "d" "l" "t" "" "" "" "" "" ""
# G "G" "O" "W" "e" "m" "u" "" "" "" "" "" ""
# H "H" "P" "X" "f" "n" "v" "" "" "" "" "" ""
library(reshape2)
samples <- melt(samples)
samples$position <- paste0(samples$Var1, samples$Var2)
# Var1 Var2 value position
# 1 A 1 A A1
# 2 B 1 B B1
# 3 C 1 C C1
# 4 D 1 D D1
# 5 E 1 E E1
# 6 F 1 F F1
# 7 G 1 G G1
# 8 H 1 H H1
# 9 A 2 I A2
# 10 B 2 J B2
# 11 C 2 K C2
# 12 D 2 L D2
# 13 E 2 M E2
# 14 F 2 N F2
# 15 G 2 O G2
# 16 H 2 P H2
# 17 A 3 Q A3
# 18 B 3 R B3
# 19 C 3 S C3
# 20 D 3 T D3
# 21 E 3 U E3
# 22 F 3 V F3
# 23 G 3 W G3
# 24 H 3 X H3
# 25 A 4 Y A4
# 26 B 4 Z B4
# 27 C 4 a C4
# 28 D 4 b D4
# 29 E 4 c E4
# 30 F 4 d F4
# 31 G 4 e G4
# 32 H 4 f H4
# 33 A 5 g A5
# 34 B 5 h B5
# 35 C 5 i C5
# 36 D 5 j D5
# 37 E 5 k E5
# 38 F 5 l F5
# 39 G 5 m G5
# 40 H 5 n H5
# 41 A 6 o A6
# 42 B 6 p B6
# 43 C 6 q C6
# 44 D 6 r D6
# 45 E 6 s E6
# 46 F 6 t F6
# 47 G 6 u G6
# 48 H 6 v H6
# 49 A 7 w A7
# 50 B 7 x B7
# 51 C 7 y C7
# 52 D 7 z D7
# 53 E 7 E7
# 54 F 7 F7
# 55 G 7 G7
# 56 H 7 H7
# 57 A 8 A8
# 58 B 8 B8
# 59 C 8 C8
# 60 D 8 D8
# 61 E 8 E8
# 62 F 8 F8
# 63 G 8 G8
# 64 H 8 H8
# 65 A 9 A9
# 66 B 9 B9
# 67 C 9 C9
# 68 D 9 D9
# 69 E 9 E9
# 70 F 9 F9
# 71 G 9 G9
# 72 H 9 H9
# 73 A 10 A10
# 74 B 10 B10
# 75 C 10 C10
# 76 D 10 D10
# 77 E 10 E10
# 78 F 10 F10
# 79 G 10 G10
# 80 H 10 H10
# 81 A 11 A11
# 82 B 11 B11
# 83 C 11 C11
# 84 D 11 D11
# 85 E 11 E11
# 86 F 11 F11
# 87 G 11 G11
# 88 H 11 H11
# 89 A 12 A12
# 90 B 12 B12
# 91 C 12 C12
# 92 D 12 D12
# 93 E 12 E12
# 94 F 12 F12
# 95 G 12 G12
# 96 H 12 H12
使用
byrow参数沿另一个方向填充矩阵:samples <- matrix(samples, nrow=nrow, byrow=TRUE)
要填充多个板，您可以使用基本相同的方法，但是使用数组而不是矩阵。
关于r - 在R中生成96或384孔板布局，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/20843272/