python - 将直方图功能扩展到重叠的容器和具有任意间隙的容器？

是否有一个直方图函数可以处理任何常规垃圾箱？

在我的神经科学应用程序中，我有两个一维数组：spikes和time_centers和一个参数time_window。我的目标是输出名为firing_rate的数组，该数组的大小与time_centers相同，定义为firing_rate[i]=len(abs(spikes-time_centers[i])<time_window)，以便它计算宽度为time_center的间隔中每个time_window bin附近的尖峰数。

我很快起草了一个函数，但是由于需要处理大量的尖峰序列，因此我对性能有些担心。

def fr(spikes,time_bins,time_window):
    rate=np.zeros(time_bins.size)
    for i,t in enumerate(time_bins):
        rate[i]= sum(np.abs(spikes-t)<time_window)
    return rate

是否可以利用spikes数组已排序的事实？
即使我使用相同大小（time_window）的垃圾箱，我的垃圾箱也可能重叠，或者两个垃圾箱之间可能有可变的间隙。

通常spikes包含〜1000个元素，time_centers〜50个bin，我需要为每个会话计算30000个神经元。

最佳答案

我们可以对np.searchsorted使用排序后的性质-

idx1 = np.searchsorted(spikes,time_bins-time_window,'right')
idx2 = np.searchsorted(spikes,time_bins+time_window,'left')
rate = idx2-idx1

另外，对于searchsorted，一个time_bins在spikes的范围内-

T = np.r_[time_bins-time_window,time_bins+time_window]
n = len(time_bins)
idxx = np.searchsorted(spikes,T,'left')
idx1 = idxx[:n] + (time_bins-spikes[idxx[:n]]>=time_window)
idx2 = idxx[n:]

关于python - 将直方图功能扩展到重叠的容器和具有任意间隙的容器？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/57631469/