我用我拥有的酶序列创建了一堆系统发育树。我有一个简单的格式，只显示分数，不着色。现在我拥有的序列是限制性内切酶，每个都有一个motif。我要为具有相似motifs的酶分支上色。我昨天大部分时间都在研究可以帮助我完成此工作的不同软件，但最终感到困惑。我想知道一个很好的工具，可以采用newick格式获取树，也可以获取alignment信息。并允许我根据相似的图案赋予颜色。
我遇到了这个工具：http://etetoolkit.org/，但是它需要大量的依赖库，这些依赖库又具有几乎没有安装错误文档的依赖项。
我使用了Phylo库中的BioPython类来开发树。我使用以下命令生成带有分数的树：Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)
最佳答案
FigTree（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/）是系统发育树查看器，允许自定义着色。
我不清楚您如何知道哪种酶具有哪种基序。如果该信息不是内置的，则可能需要在构建树之前注释每个序列，以便您可以在FigTree中搜索并按标签颜色。
（请注意，如果您只想显示酶名称，没有任何基序，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑.nwk文件，保留颜色信息，但去除注释。）
关于python - 系统发育树着色，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/26389276/