r - 如何在R中绘制树(和松鼠)？

这是我的树:

tree = data.frame(branchID = c(1,11,12,111,112,1121,1122), length = c(32, 21, 19, 5, 12, 6, 2))

> tree
  branchID length
1        1     32
2       11     21
3       12     19
4      111      5
5      112     12
6     1121      6
7     1122      2

这棵树是二维的，由 Twig 组成。每个分支都有一个ID。 1是主干。然后，干线 fork 成两个分支，左侧为11，右侧为12。 11在称为111(朝左)和112(朝右)的分支中也 fork 。等等。每个分支都有一定的长度。

在这棵树上有松鼠:

squirrels = data.frame(branchID = c(1,11,1121,11,111), PositionOnBranch = c(23, 12, 4, 2, 1), name=c("FluffyTail", "Ginger", "NutCracker", "SuperSquirrel", "ChipnDale"))

> squirrels
  branchID PositionOnBranch          name
1        1               23    FluffyTail
2       11               12        Ginger
3     1121                4    NutCracker
4       11                2 SuperSquirrel
5      111                1     ChipnDale

每个松鼠都位于特定的分支上。例如，FluffyTail在主干上的位置23(主干的总长度为32)上。 ChipnDale在位置1的分支111上(分支111的总长度为5)。该位置相对于分支的下肢。

如何绘制树和松鼠？

最佳答案

我对此花费了更多的时间，并在trees，here包中打包了一些园艺功能。

使用trees，您可以:

用seed()生成随机树设计(可以说是随机种子)；

播下种子，用germinate()种植一棵壮丽的树；

用foliate()添加随机放置的叶子(或松鼠)；

使用squirrels()将松鼠(例如)添加到指定位置；和

prune()树。

# Install the package and set the RNG state
devtools::install_github('johnbaums/trees')
set.seed(1)

让我们给种子施肥并长出一棵树

# Create a tree seed
s <- seed(70, 10, min.branch.length=0, max.branch.length=4,
          min.trunk.height=5, max.trunk.height=8)

head(s, 10)

#       branch    length
# 1          0 6.3039785
# 2          L 2.8500587
# 3         LL 1.5999775
# 4        LLL 1.3014086
# 5       LLLL 3.0283486
# 6      LLLLL 0.8107690
# 7     LLLLLR 2.8444849
# 8    LLLLLRL 0.4867677
# 9   LLLLLRLR 0.9819541
# 10 LLLLLRLRR 0.5732175

# Germinate the seed
g <- germinate(s, col='peachpuff4')

并添加一些叶子

leafygreens <- colorRampPalette(paste0('darkolivegreen', c('', 1:4)))(100)
foliate(g, 5000, 4, pch=24:25, col=NA, cex=1.5, bg=paste0(leafygreens, '30'))

或一些松鼠

plot(g, col='peachpuff4')
squirrels(g,
          branches=c("LLLLRRRL", "LRLRR", "LRRLRLLL", "LRRRLL", "RLLLLLR",
                     "RLLRL", "RLLRRLRR", "RRRLLRL", "RRRLLRR", "RRRRLR"),
          pos=c(0.22, 0.77, 0.16, 0.12, 0.71, 0.23, 0.18, 0.61, 0.8, 2.71),
          pch=20, cex=2.5)

绘制@ Remi.b的树和松鼠

g <- germinate(list(trunk.height=32,
                   branches=c(1, 2, 11, 12, 121, 122),
                   lengths=c(21, 19, 5, 12, 6, 2)),
              left='1', right='2', angle=40)

xy <- squirrels(g, c(0, 1, 121, 1, 11), pos=c(23, 12, 4, 2, 1),
               left='1', right='2', pch=21, bg='white', cex=3, lwd=2)
text(xy$x, xy$y, labels=seq_len(nrow(xy)), font=2)
legend('bottomleft', bty='n',
      legend=paste(seq_len(nrow(xy)),
                   c('FluffyTail', 'Ginger', 'NutCracker', 'SuperSquirrel',
                     'ChipnDale'), sep='. '))

编辑:

继@baptiste关于@ScottChamberlain的rphylopic软件包的热门提示之后，是时候将这些点升级为松鼠了(尽管它们可能类似于咖啡 bean )。

library(rphylopic)
s <- seed(50, 10, min.branch.length=0, max.branch.length=5,
          min.trunk.height=5, max.trunk.height=8)
g <- germinate(s, trunk.width=15, col='peachpuff4')
leafygreens <- colorRampPalette(paste0('darkolivegreen', c('', 1:4)))(100)
foliate(g, 2000, 4, pch=24:25, col=NA, cex=1.2, bg=paste0(leafygreens, '50'))
xy <- foliate(g, 2, 2, 4, xy=TRUE, plot=FALSE)

# snazzy drop shadow
add_phylopic_base(
    image_data("5ebe5f2c-2407-4245-a8fe-397466bb06da", size = "64")[[1]],
    1, xy$x, xy$y, ysize = 2.3, col='black')
add_phylopic_base(
    image_data("5ebe5f2c-2407-4245-a8fe-397466bb06da", size = "64")[[1]],
    1, xy$x, xy$y, ysize = 2, col='darkorange3')

关于r - 如何在R中绘制树(和松鼠)？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/28163979/