runjags 对象太大

我正在尝试使用新包 runjags 运行 JAGS，因为 R2jags has a bug (完整的模型代码在问题 https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509 中):

require("runjags")
out <- run.jags("Poisson.OD.t.test.txt", params, win.data, nc, inits,
      nb*4/5, ni, nb*1/5)
plot(out2, layout = c(4, 2))

它很有魅力，但这个包的缺点是 runjags 函数返回的 run.jags 对象已经与准备好的图表和输出捆绑在一起，而且太大了。只是为了比较，对应的.Rdata文件的大小(2个链，每个保存500次迭代，总共1000次迭代):

runjags 对象 - 1.2 MB

R2jags 对象 - 212 kB

mcmc.list 对象 - 33 kB

runjags 对象很大，但我必须存储它以便以后能够在模型上使用 runjags 接口(interface)。
此问题的任何解决方法？

最佳答案

runjags 类的对象非常大，主要是因为它们存储了从中断处继续模拟所需的所有信息(模型/数据/RNG 状态)。如果你想要的只是 MCMC 链，那么你可以使用以下方法摆脱大部分:
as.mcmc.list(yourrunjagsobject)
...或者转换为可以直接与 rjags 包一起使用的内容:
as.jags(yourrunjagsobject)
另见 ?runjagsclass
或者，如果您有与打印/汇总相关的存储问题并希望保留模型/数据/RNG 状态，请尝试将 summarise=FALSE 和 plot=FALSE 用于 run.jags() ，这将防止在初始函数调用期间预先生成/存储这些。

你也可以破解类对象来摆脱我猜的大组件，但使用提供的转换方法要好得多......

关于runjags 对象太大，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/21837221/