我遇到了一个奇怪的问题，我无法以任何方式解决，我希望这里的某个人可能对什么是错有更好的了解。
我无法使用RWebLogo软件包-由于缺少相同的Ghostscript错误，甚至无法运行最简单的示例。
例如运行:
library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')
引发此错误:
Traceback (most recent call last):
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
weblogolib._cli.main()
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
formatter(data, format, opts.fout)
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
gs = GhostscriptAPI()
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path
我已经在终端中使用configure/make/install安装了9.15版本的ghostscript，然后将PATH添加到bash配置文件并执行了它。当我在终端中运行gs时，它可以正常工作，确认将其设置为系统路径，但仍然会发生相同的错误。即使重启。
我尝试将gs直接添加到R中的环境中:
Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")
这也没有帮助...给出完全相同的错误。当我搜索R环境时，它表明存在gs。
重要版本信息:
MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit);
RWebLogo_1.0.3
您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程新手，所以担心我可能会缺少一些基本知识。如有任何建议，我将不胜感激。谢谢!
最佳答案
我已经与RWebLogo的作者Omar取得了联系，他在查明我的问题和解决问题方面确实很有帮助。
首先，他建议在终端上的测试序列上运行RWebLogo:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o〜/Desktop/out.pdf -F pdf
将上面脚本的基本目录(在extdata/weblogo之前的所有内容)更改为以下命令在R中提供的内容:
system.file(package = 'RWebLogo')
我运行它并遇到一个新错误:缺少numpy。我实际上安装了numpy，但没有完整的用户权限。重新安装numpy后，RWebLogo已从终端成功运行。
尽管如此，RStudio仍引发GhostScript错误。 Omar建议在优胜美地(我目前有10.10.1)上运行较旧版本的RStudio时出现问题，并向我发送了一个指向已解决问题的更新RStudio版本的链接。
http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/
我得到了更新的RStudio，现在一切正常。希望这对遇到类似问题的人有所帮助!
关于R EnvironmentError : Could not find Ghostscript on path. RWebLogo，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/27978404/