python - “rpy2”在“思想冠层”中失败(与内部GFORTRAN库冲突)

我试着用pip（在Ubuntu 12.04上）把rpy2安装在热情的树冠上。软件包似乎安装成功，但当我尝试导入时：

In [1]: from rpy2.rinterface._rinterface import *
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-e2e1fe174266> in <module>()
----> 1 from rpy2.rinterface._rinterface import *

/home/kayhan/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.3.8-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>()
     99
    100
--> 101 from rpy2.rinterface._rinterface import *
    102
    103

ImportError: /home/kayhan/Enthought/Canopy_64bit/User/bin/../lib/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/libblas.so.3gf)

如果没有这个包（rpy2），ipython笔记本中的R\u magic就不起作用！
似乎rpy2链接到了系统的gfortran库，同时热情地试图加载自己的FORTRAN库！类似的问题也被报道here。ldu预加载是一个不错的解决方案，因为发布热情洋溢的FORTRAN库有什么意义！?
这似乎又是一个与linux（Ubuntu）中的GFORTRAN库相冲突的热情洋溢的FORTRAN库！与Enthough一起提供的库要么是错误的，要么是没有合适的方法来解决这个冲突。不管怎样，对于一个主要关注科学计算的发行版来说，一次又一次地发生这样的冲突是不好的！

最佳答案

对于自定义包，我在libgfortran和libblas中遇到了相同的错误。正如您所提到的，Canopy正在使用它自己的libgfortran.so.3，跟踪系统或库路径中的那个（似乎是blas所必需的）。下面是一个解决此问题和类似问题的方法，它基于更改树冠中的libgfortran符号链接：
导航到Canopy的lib目录：
cd ~/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/
一个ls -l *gfortran.so.3*应该给你这样的东西：

 libgfortran.so.3 -> libgfortran.so.3.0.0
 libgfortran.so.3.0.0

（可选）备份libgfortran.so.3（如果不是这里的符号链接）：

mv libgfortran.so.3 libgfortran.so.3.bkp

找到系统库，例如：

locate *gfortran.so.3* | grep /usr/lib

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0

从系统到库建立符号链接

ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 .

现在ls -l *gfortran.so.3*应该给你：

  libgfortran.so.3 -> /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3

关于python - “rpy2”在“思想冠层”中失败(与内部GFORTRAN库冲突)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/21011235/