linux - 在Linux环境中运行FSL命令的问题

我是FSL的新手，使用版本4.1.8。我正在尝试运行一个读取并生成*.nii文件的脚本，FSL通常支持该格式。我正在从probtrackx内调用FSL函数Matlab。但是，我收到以下错误消息，看似无法生成或识别*.nii文件：

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001'

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

这些文件确实存在，但是FSL无法识别它们。非常感谢您提供有关如何解决问题和使FSL正常运行的任何帮助。我怀疑这是Linux设置问题，只是不确定如何解决。以前的帖子中有关相关问题的解决方案建议添加ls='ls --color=auto'。我已经尝试过了。

最佳答案

一些FSL工具假定已设置$FSLDIR unix unvironment变量，在您的MATLAB环境中可能并非如此。您可以使用setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl')之类的方法进行修复（如果FSL安装在其他位置，则可以进行修改）。有些还需要执行常规的FSL安装脚本：system('. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh')。另请参阅：http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html。

代替更复杂的probtrackx脚本，首先要尝试的另一件事是：

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001')

如果此操作因相同的错误而失败，则说明您输入了错误的数据路径。例如，您是否要在其中包含..？

另外，将来，获得FSL支持的最佳地点在其邮件列表中，网址为：https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl

关于linux - 在Linux环境中运行FSL命令的问题，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/8672724/