postgresql - 如何从Snomed Postgres SQL数据库中查找关系

问题陈述：
从Snomed CT数据库中提取所有父母、祖父母、子女和孙子女
说明：
我正在尝试在本地框上建立snomed数据库，以提取特定概念（使用concept\u id）的关系（所有父项和子项）。
我已从https://download.nlm.nih.gov/umls/kss/IHTSDO20190131/SnomedCT_InternationalRF2_PRODUCTION_20190131T120000Z.zip下载snomed数据
然后我使用这里找到的脚本将数据导入Postgres SQL DBhttps://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader/tree/master/PostgreSQL
但是我没有发现这些表之间的任何关系，因此我可以为一个特定的概念id（我尝试了肺癌93880001）找到父母、祖父母、子女和孙子孙女
下图包含表结构：

我非常感谢你的帮助和建议。

最佳答案

根据可能无法从任何地方访问的NHS CT Browser，93880001有三个父母：
肺恶性肿瘤（紊乱）
原发性胸内器官恶性肿瘤（疾病）
原发性呼吸道恶性肿瘤（疾病）
和31个孩子：
肺实质癌（紊乱）
肺上皮样血管内皮瘤（疾病）
肺非霍奇金淋巴瘤（疾病）
非小细胞肺癌（紊乱）
等等。。。
找到层次结构的高低级别的方法是使用relationship_f.sourceid和relationship_f.destinationid。但是，原始表不是用户友好的，所以我建议您提出一些看法。我从thisGitHub repo中的Oracle.sql文件中获取了代码。
首先，我们使用概念ID和首选名称创建一个视图：

create view conceptpreferredname as
SELECT distinct c.id conceptId, d.term preferredName, d.id descriptionId
FROM postgres.snomedct.concept_f c
inner JOIN postgres.snomedct.description_f d
  ON c.id = d.conceptId
  AND d.active = '1'
  AND d.typeId = '900000000000013009'
inner JOIN postgres.snomedct.langrefset_f l
  ON d.id = l.referencedComponentId
  AND l.active = '1'
  AND l.refSetId = '900000000000508004'  -- GB English
  AND l.acceptabilityId = '900000000000548007';

然后，我们对人际关系进行分析：

CREATE VIEW relationshipwithnames AS
SELECT id, effectiveTime, active,
    moduleId, cpn1.preferredName moduleIdName,
    sourceId, cpn2.preferredName sourceIdName,
    destinationId, cpn3.preferredName destinationIdName,
    relationshipGroup,
    typeId, cpn4.preferredName typeIdName,
    characteristicTypeId, cpn5.preferredName characteristicTypeIdName,
    modifierId, cpn6.preferredName modifierIdName
from postgres.snomedct.relationship_f relationship,
    conceptpreferredname cpn1,
    conceptpreferredname cpn2,
    conceptpreferredname cpn3,
    conceptpreferredname cpn4,
    conceptpreferredname cpn5,
    conceptpreferredname cpn6
WHERE moduleId = cpn1.conceptId
AND sourceId = cpn2.conceptId
AND destinationId = cpn3.conceptId
AND typeId = cpn4.conceptId
AND characteristicTypeId = cpn5.conceptId
AND modifierId = cpn6.conceptId;

因此，打印出三个父概念的名称和id的查询将是：

select *
from relationshipwithnames r
where r.sourceId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

注意，这实际上返回了三个额外的概念，在线SNOMED浏览器认为这是过时的。我不知道为什么。
要打印出子概念的名称和id，请将destinationId替换为sourceId：

select *
from relationshipwithnames r
where r.destinationId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

注意，这实际上返回了16个额外的概念，在线SNOMED浏览器认为这些概念已经过时。再说一次，我找不到一个可靠的方法来排除结果中只有这16个。
从这里开始，询问祖父母和孙子孙女的问题很简单。

关于postgresql - 如何从Snomed Postgres SQL数据库中查找关系，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/56951658/