我正在尝试在R中安装minfi:
BiocManager::install("minfi")
但在编译HDF5Array时安装停止,并出现以下错误:
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’
我已经安装了
rhdf5
和Rhdf5lib
包加上文件“R不能看到”实际上存在于确切的目录(/UR/LB64/R/Loope/RHDF5LIB/LIB)中,在这里被认为是“搜索”它们。ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a libhdf5_cpp.a libsz.a
我的R版本是3.6.0,我的GCC版本是4.8.5 20150623(Red Hat 4.8.5-39),我的CentOS发行版是7.6.1810
如果有什么建议,我将不胜感激。
谢谢您。
最佳答案
我遇到了同样的问题。
http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/提到未能安装“HDF5Array(1.12.2)”。所以等待改进。
有一种方法:安装旧版本的“HDF5Array”。
url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")
关于r - 如何修复“gcc:错误:“/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”:R中没有此类文件或目录,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/58378470/