我最近开始学习PETSc,在尝试完成一些简单任务时遇到了问题。此代码有什么问题:
static char help[] = "Test 2d DMDAs Vecs.\n\n";
#include <petscdm.h>
#include <petscdmda.h>
#include <petscsys.h>
PetscReal process_value(int rank, int i) {
return i*PetscPowScalar(10,rank*2);
}
int main(int argc,char **argv) {
PetscErrorCode ierr;
PetscMPIInt rank;
PetscInt M = -5,N = -3;
DM da;
Vec local,global;
ierr = PetscInitialize(&argc,&argv,(char*)0,help);CHKERRQ(ierr);
ierr = MPI_Comm_rank(PETSC_COMM_WORLD,&rank);CHKERRQ(ierr);
ierr = DMDACreate2d(PETSC_COMM_WORLD , DM_BOUNDARY_NONE , DM_BOUNDARY_NONE
, DMDA_STENCIL_BOX , M , N , PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE
, 1 , 1 , NULL , NULL , &da); CHKERRQ(ierr);
ierr = DMCreateGlobalVector(da,&global);CHKERRQ(ierr);
ierr = DMCreateLocalVector(da,&local);CHKERRQ(ierr);
{
PetscInt v,i, j, xm, ym, xs, ys;
PetscScalar **array;
ierr = DMDAGetCorners(da, &xs, &ys, 0, &xm, &ym, 0); CHKERRQ(ierr);
PetscSynchronizedPrintf(PETSC_COMM_WORLD,"%d:xs=%d\txm=%d\tys=%d\tym=%d\n",rank,xs,xm,ys,ym);
PetscSynchronizedFlush(PETSC_COMM_WORLD,PETSC_STDOUT);
ierr = DMDAVecGetArray(da, global, &array); CHKERRQ(ierr);
v=0;
for (j = ys; j < ys + ym; j++) {
for (i = xs; i < xs + xm; i++) {
array[j][i] = process_value(rank,v+=1);
}
}
ierr = DMDAVecRestoreArray(da, global, &array); CHKERRQ(ierr);
}
ierr = VecView(global,PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecDestroy(&local);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecDestroy(&global);CHKERRQ(ierr);
ierr = DMDestroy(&da);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscFinalize();
return 0;
}
它用过程等级标记的数量填充小阵列。
成功编译并链接后,将得到以下结果:
> mpiexec -n 2 ./problem
0:xs=0 xm=3 ys=0 ym=3
1:xs=3 xm=2 ys=0 ym=3
Vec Object: 2 MPI processes
type: mpi
Vec Object:Vec_0x84000004_0 2 MPI processes
type: mpi
Process [0]
1.
2.
3.
100.
200.
4.
5.
6.
300.
Process [1]
400.
7.
8.
9.
500.
600.
>
VecView显示流程已写入属于其他流程的位置。哪里有错误? DMDAVecGetArray / DMDAVecRestoreArray给出错误的数组,或者VecView不适合查看从DM对象获得的Vec?
最佳答案
DMDAVecGetArray()
和DMDAVecRestoreArray()
可以正常工作。实际上,您正在处理几年前mailing list of petsc中描述的VecView()
功能。
实际上,VecView()
使用自然顺序从DMDA打印 vector 。
proc0 proc1
1 2 | 3 4
5 6 | 7 8
___________
9 10 | 11 12
13 14 | 15 16
proc2 proc3
在有关结构化网格的第2.5节documentation of Petsc中,强调了自然排序和Petsc排序之间的区别。 Petsc的订购如下所示:
proc0 proc1
1 2 | 5 6
3 4 | 7 8
___________
9 10 | 13 14
11 12 | 15 16
proc2 proc3
如线程VecView doesn't work properly with DA global vectors,中所示,仍然可以使用Petsc的顺序通过以下方式打印 vector :
PetscViewerPushFormat(PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD,PETSC_VIEWER_NATIVE);
VecView(global,PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD);
PetscViewerPopFormat(PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD);
让我们仔细看看Petsc的来源,看看它是如何工作的。 DMDA vector 的
VecView()
操作被重载,因为调用了DMCreateGlobalVector_DA()
函数(请参阅dadist.c):新方法是gr2.c中的VecView_MPI_DA()
。毫不奇怪,它调用一个函数DMDACreateNaturalVector()
,然后使用本机VecView()
打印自然 vector 。如果使用格式PETSC_VIEWER_NATIVE
,则vector interface调用*vec->ops->viewnative
操作,该操作可能指向pdvec.c中的本机VecView()
函数VecView_MPI_ASCII()
。这解释了VecView用于DMDA vector 的奇怪(但非常实用!)行为。如果希望保持自然顺序,则可以使用以下命令来删除打印出的无意义的
Process[0]...Process[3]
:PetscViewerPushFormat(PETSC_VIEWER_STDOUT_WORLD, PETSC_VIEWER_ASCII_COMMON);
关于c++ - 将PETSC DMDA vec值分配给调整位置,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/38794889/