r - 在 ggbiplot 中指定箭头(线段)的颜色、透明度和位置

我正在创建一个带有多元数据的 PCA 双标图。
有没有办法在 ggbiplot 中指定线段的颜色/透明度/位置？此命令的任何参数都没有提供此选项。
我知道 ggbiplot 基于 ggplot - 它可能接受 aes 参数吗？或者可以在创建的绘图上添加一层颜色/透明度/位置来覆盖默认值？
具体来说，关于位置，如果可能的话，我想抖动线段(尽管使它们更透明可能已经解决了问题)。
工作示例，使用 iris 数据:

#load required packages
library(ggplot2)
library(devtools)
library(ggbiplot)

#load dataset
data(iris)

#perform principal component analysis
pca = prcomp(iris[ , 1:4], scale=T)

#define classes, generate & view PCA biplot
class = iris$Species
ggbiplot(pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = class, circle = FALSE,
         varname.size = 1, varname.adjust = 6)

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最佳答案

看来你需要稍微改变一下 ggbiplot 函数。在控制台中输入 ggbiplot，将代码复制到编辑器中。在 arglist 的 function 中，为箭头添加颜色、线型和透明度(“alpha”)的“name = expression”术语。

ggbiplot2 <- function (pcobj, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot = TRUE,
          obs.scale = 1 - scale, var.scale = scale, groups = NULL,
          ellipse = FALSE, ellipse.prob = 0.68, labels = NULL, labels.size = 3,
          alpha = 1, var.axes = TRUE, circle = FALSE, circle.prob = 0.69,
          varname.size = 3, varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE,
          color = muted("red"), # <- add new arguments to the function
          linetype = "solid",
          alpha_arrow = 1)

然后搜索 geom_segment 部分，并为 color 、 linetype 和 alpha 添加参数:

g <- g + geom_segment(data = df.v, aes(x = 0, y = 0, xend = xvar, yend = yvar),
                      arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")),
                      color = color, linetype = linetype, alpha = alpha_arrow)

将编辑过的功能分配给新名称，例如ggbiplot2 。尝试一下，在其中设置箭头默认值以外的值:

ggbiplot2(pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = class, circle = F, varname.size = 1, varname.adjust = 6,
color = "blue", linetype = "dashed", alpha_arrow = 0.5) # <- use the new arguments

关于r - 在 ggbiplot 中指定箭头(线段)的颜色、透明度和位置，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/25995173/