python - R包Bio3D教程重现

我开始使用名为Bio3D的R包
（http://thegrantlab.org/bio3d/index.php）
在复制“蛋白质结构网络与Bio3D”教程中的示例时遇到问题
（http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks）。
以下是我正在尝试的片段：
"
下面的代码片段首先设置示例HIVpr启动结构（pdb file）和轨迹数据（dcdfile）的文件路径，然后读取这些文件（生成对象dcd和pdb）。

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")

# Read MD data
dcd <- read.dcd(dcdfile)
pdb <- read.pdb(pdbfile)

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)

一旦我们有了叠加的轨迹框架，我们就可以评估单个残留物的原子涨落（在这个非常简短的例子模拟中）相互关联的程度，并根据这些数据建立一个网络：

cij <- dccm(trj)
net <- cna(cij)
plot(net, pdb)

"
直到现在一切都很好。

# View the correlations in pymol
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

在这里，我用pymol打开生成的pdb文件corr.inpcrd。
但我看到的不是漂亮的卡通3D模型，而是由点代表的氨基酸残基。
试图用pymol解决这个问题，使用卡通、色带、颜色、透明度和命令显示的设置，但它什么也没改变。
谢谢你的建议！
我没有足够的声誉来说明预期和获得的结果与图像，但可能我将能够直接发送，如果必要的话。
谢谢您！

最佳答案

通常，如果pymol位于可执行文件的路径中（请参见此处：http://tinyurl.com/lzhpz3w了解bio3d希望在哪里找到pymol和肌肉）。

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

我自己不使用windows，但如果你在bio3d bitbucket issues页面https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues上发布这个问题，你会得到经验丰富的windows bio3d用户的帮助，包括这个函数的作者。

关于python - R包Bio3D教程重现，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/27398112/