windows - 在Windows上将shQuote与R结合使用

我正在r（windows）中测试bio3d包，遇到了一个相当普遍的问题：
bio3d中的“seqaln”函数尝试发出以下系统命令：

#cmd = "muscle -in C:\\Users\\derek\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein"
system(shQuote(cmd))

据我所知，什么都没发生。然而，一旦我删除了“shquote”，sekaln函数就可以正常工作了。所有shquote都是在命令周围添加一对“”的：

"\"C:/_utils/muscle.exe -in C:\\Users\\kfoo\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein\""

使用shquote有什么问题吗？
谢谢！

最佳答案

问题是您正在将shQuote()应用于同时包含命令及其参数的字符串。shQuote()中的示例都没有这样做，您也不应该这样做！
由于直接在windows“\"echo HelloWorld\"命令行键入时cmd失败的相同原因，以下操作不起作用：

system(shQuote("echo HelloWorld"))

相反，您应该执行以下操作：

system("echo HelloWorld")
# HelloWorld

或者，如果命令及其参数都可能包含空格，则可以使用如下shQuote()：

system(paste(shQuote("echo"), shQuote("HelloWorld")))
# HelloWorld

关于windows - 在Windows上将shQuote与R结合使用，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/10825069/