python - 手动调整新树和眼睛的用法

我有一个对我来说太奇怪的问题。
我有一棵新的树：

(((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0;

当我尝试使用ETE阅读时：

t=Tree("(((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0;", format=8)

一切正常，但现在我想让它分叉，所以新的树应该是这样的：

(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;

现在我试着用和上面一样的语法来读它：

t=Tree("(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;", format=8)

我得到这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/coretype/tree.py", line 200, in __init__
    read_newick(newick, root_node = self, format=format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 218, in read_newick
    return _read_newick_from_string(nw, root_node, format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 280, in _read_newick_from_string
    _read_node_data(closing_internal, current_parent, "internal", format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 351, in _read_node_data
    raise NewickError, "Unexpected leaf node format:\n\t"+ subnw[0:50]
ete2.parser.newick.NewickError: Unexpected leaf node format:

这真的让我发疯了，有人能帮忙吗？

最佳答案

函数Tree（）中的format=8。根据the specification这意味着每个节点都需要有一个名称。
要使用格式8，需要为节点命名，如下所示：

t=Tree("(((((637,5250)a,607)b,14782)6942,641)6441)0;", format=9)

或

t=Tree("(((((637,5250)0,607)0,14782)6942,641)6441)0;", format=9)

也可以更改为格式9：

t=Tree("(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;", format=9)

这会将格式更改为9，这只要求叶具有名称。您还可以删除格式并只处理第一个参数。

关于python - 手动调整新树和眼睛的用法，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/18230363/