Edit1:如下面@RolandASc所报告,lmerTest
中似乎存在错误。我已经写了一封电子邮件给软件包的维护者,报告了该问题。
Edit2:维护者回应:“我们正在进行更新,希望可以以更好的方式解决这些问题……”
我正在尝试使用lme4
/ lmerTest
为空随机效果模型获取p.value,但无法弄清楚为什么不为null
模型计算它们。
使用sleepstudy
数据,我定义模型如下:
library(lmerTest)
lmer0 <- lmer(Reaction ~ 1 + (1|Subject), data = sleepstudy)
我希望对
summary(lmer0)
的调用将以固定效果打印截距的p.value-但lmerTest
这样做失败,实际上是从lme4
调用摘要:> summary(lmer0)
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: Reaction ~ 1 + (1 | Subject)
Data: sleepstudy
REML criterion at convergence: 1904.3
Scaled residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-2.4983 -0.5501 -0.1476 0.5123 3.3446
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
Subject (Intercept) 1278 35.75
Residual 1959 44.26
Number of obs: 180, groups: Subject, 18
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 298.51 9.05 32.98
如果我在哪里对同一模型使用
nlme
,一切看起来都正确:library(nlme)
lme0 <- lme(Reaction ~ 1, random = ~1|Subject, data = sleepstudy)
summary(nlme0)
Linear mixed-effects model fit by REML
Data: df
AIC BIC logLik
1910.327 1919.889 -952.1633
Random effects:
Formula: ~1 | Subject
(Intercept) Residual
StdDev: 35.75385 44.25907
Fixed effects: Reaction ~ 1
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 298.5079 9.049936 162 32.98453 0
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-2.4983313 -0.5501348 -0.1475698 0.5122894 3.3445880
Number of Observations: 180
Number of Groups: 18
附言如果此问题更适合CrossValidated,请让我知道,我将其移到那里。谢谢。
最佳答案
作为lmerTest开发人员之一,我可以确认这确实是一个错误。
它也已在GitHub(https://github.com/runehaubo/lmerTest)上的开发版本中修复,您可以通过该版本安装
library("devtools")
install_github("runehaubo/lmerTest")
也请在GitHub上提出将来可能发生的错误。
溴
符文
关于r - 在lm4/lmerTest中为空随机效应模型计算p值,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/48398036/