Edit1:如下面@RolandASc所报告,lmerTest中似乎存在错误。我已经写了一封电子邮件给软件包的维护者,报告了该问题。
Edit2:维护者回应:“我们正在进行更新,希望可以以更好的方式解决这些问题……”

我正在尝试使用lme4 / lmerTest为空随机效果模型获取p.value,但无法弄清楚为什么不为null模型计算它们。

使用sleepstudy数据,我定义模型如下:

library(lmerTest)
lmer0 <- lmer(Reaction ~ 1 + (1|Subject), data = sleepstudy)

我希望对summary(lmer0)的调用将以固定效果打印截距的p.value-但lmerTest这样做失败,实际上是从lme4调用摘要:
> summary(lmer0)
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: Reaction ~ 1 + (1 | Subject)
   Data: sleepstudy

REML criterion at convergence: 1904.3

Scaled residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max
-2.4983 -0.5501 -0.1476  0.5123  3.3446

Random effects:
 Groups   Name        Variance Std.Dev.
 Subject  (Intercept) 1278     35.75
 Residual             1959     44.26
Number of obs: 180, groups:  Subject, 18

Fixed effects:
            Estimate Std. Error t value
(Intercept)   298.51       9.05   32.98

如果我在哪里对同一模型使用nlme,一切看起来都正确:
library(nlme)
lme0 <- lme(Reaction ~ 1, random = ~1|Subject, data = sleepstudy)
summary(nlme0)
Linear mixed-effects model fit by REML
 Data: df
       AIC      BIC    logLik
  1910.327 1919.889 -952.1633

Random effects:
 Formula: ~1 | Subject
        (Intercept) Residual
StdDev:    35.75385 44.25907

Fixed effects: Reaction ~ 1
               Value Std.Error  DF  t-value p-value
(Intercept) 298.5079  9.049936 162 32.98453       0

Standardized Within-Group Residuals:
       Min         Q1        Med         Q3        Max
-2.4983313 -0.5501348 -0.1475698  0.5122894  3.3445880

Number of Observations: 180
Number of Groups: 18

附言如果此问题更适合CrossValidated,请让我知道,我将其移到那里。谢谢。

最佳答案

作为lmerTest开发人员之一,我可以确认这确实是一个错误。

它也已在GitHub(https://github.com/runehaubo/lmerTest)上的开发版本中修复,您可以通过该版本安装

library("devtools")
install_github("runehaubo/lmerTest")

也请在GitHub上提出将来可能发生的错误。


符文

关于r - 在lm4/lmerTest中为空随机效应模型计算p值,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/48398036/

10-10 07:25