r - R中的丛集

我想在R中的二进制矩阵上应用byclustering。有一个很好的包叫做“biclust”，但它确实可以，并且不显示我想要的所有内容。

我有一个二进制矩阵，如下所示:

1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0

我的目标是将其显示为(并显示)如下(可以是彩色的):

1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0

设置代码:

# install.packages("biclust") (if necessary)
library("biclust")

testMatrix <- matrix(c(1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0),
                     nrow = 7,
                     ncol = 7,
                     byrow = TRUE)

我应用了“biclust” R包的​​biclust函数:

testCluster <- biclust(x = testMatrix, method=BCBimax())

实际上，我得到了预期的两个集群:

An object of class Biclust
call:
biclust(x = testMatrix, method = BCBimax())
Number of Clusters found:  2
First  2  Cluster sizes:
                      BC 1  BC 2
Number of Rows:       3     2
Number of Columns:    3     2

我都可以通过以下方式分别显示集群:

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

我可以通过以下方式显示整个聚类矩阵(左上角为一个聚类):

drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

到目前为止一切顺利，但我想要:

显示的颜色已切换。现在1是红色，0是绿色。

我想查看原始矩阵的行和列。现在，仅显示了特定集群的行号和列号(使用drawHeatMap)，而在整个聚类矩阵(drawHeatMap2)上没有行号和列号。

我想要一个排序良好的聚类矩阵。现在，仅在drawHeatmap2中指定的集群显示在左上角，但是对于矩阵的其余部分，我还希望矩阵的其余部分的其他集群从左上角到右下角排列良好。

这些更改是否可能(使用“biclust”软件包)？还是用R用另一种方式来做比较好？

最佳答案

在biclust源packag包中更改drawHeatmap()函数:

trace(“drawHeatmap”，edit = TRUE)

更改以下内容:
(a)切换红色和绿色-在调用rgb()中切换rvect和gvect
(b)原始行名代替新行名-将'labels ='更改为'= bicCols'和'= bicRows'。

打印行号:在有关行的轴之前:cat(bicRows)。

将行号保存到文件-在关于行的轴之前:write(bicRows，file =“FILENAME.txt”)

关于r - R中的丛集，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/38497520/