r - 功能内出现“找不到对象”:NLMER版本

在过去的几个小时中，我在这里发现了几个有关R脚本的问题，该R脚本在函数外部运行良好，但是一旦代码重构为包含函数，该参数将为参数返回“找不到对象”错误。不幸的是，解决这些错误的方法似乎是高度依赖于程序包和特定于上下文的，因此，我不得不把自己的，特定于nlmer的问题扔到一边。

总结：我想多次运行一个nlmer模型，但是每次都使用略有不同的模型规范。我确保该模型可以在任何函数外部指定的方式工作。我已经编写了一个函数，该函数接受一个data.table和一个公式（以字符串形式）并运行模型，但是即使'model_formula'变量肯定在其中，它也会返回一个错误，提示我的模型公式“未找到”函数的名称空间。

例：

# set up toy dataset
data <- data.table(patient_id=c(rep("pat_1", 10), rep("pat_2", 10), rep("pat_3", 10)),
                   agesero=c(rep(25,10), rep(19, 10), rep(34, 10)))
data$row <- as.numeric(rownames(data))
data[, variable:= ifelse(row%%10==0, "observed_survival", "vl")]
data[, M_visit_time:= ifelse(variable=="vl", row/6 + 0.25, 0)]
data[, value:= ifelse(variable=="vl", 3 + exp(-4*M_visit_time), row/10 + 2)]
data[, M_agesero:= ifelse(variable=="vl", agesero, 0)]
data[, D_intercept:= ifelse(variable=="observed_survival", 1, 0)]
data[, D_agesero:= ifelse(variable=="observed_survival", agesero, 0)]
data[, row:=NULL]

example_formula <- "value~ModelGradient(time=M_visit_time,b0,b2,b3)~M_agesero + D_intercept + D_agesero + (b0|patient_id)"

#this works, outside of a function:
Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
               function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

out<-nlmer(as.formula(example_formula), data=data,
           start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
           control=nlmerControl(optimizer="bobyqa", optCtrl=list(maxfun=200000)))

#but when I write a function:
run_nonlin<- function(model_formula, data){
            Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
            ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
                           function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

          print(paste("hello I am the model formula and I exist in this namespace! I am:",
         model_formula))
         out<-nlmer(as.formula(model_formula), data=data,
                 start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
                 control=nlmerControl(optimizer="bobyqa",
                  optCtrl=list(maxfun=200000)))
           return(out)
}

#and call:
function_output <- run_nonlin(model_formula=example_formula, data=data)

# I get the error:
# Error in as.formula(model_formula) : object 'model_formula' not found

顺便提一句，我一眼就做了类似的事情，没有任何问题。

任何意见是极大的赞赏。

（已编辑以包括错误消息）

最佳答案

看来nlmer有一种奇怪的方式来解析您传递给函数的公式。您显然无法传递全局环境中未定义的变量。这似乎是因为nlformula在未传递的符号上调用as.formula，该符号的传递方式与公式相同。这意味着使用词法作用域来解析符号，因此它将在model_formula名称空间中搜索stats，然后在全局环境中而不是在函数定义的范围内进行搜索。

一种解决方法是评估该参数，然后通过do.call()传递该值，例如

run_nonlin<- function(model_formula, data){
    Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
    ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
                       function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

    out <- do.call('nlmer', list(as.formula(model_formula),
        data=quote(data),
        start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
        control=nlmerControl(optimizer="bobyqa",
        optCtrl=list(maxfun=200000))))

    return(out)
}

关于r - 功能内出现“找不到对象”:NLMER版本，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/31038179/