linux - 在R 3.0.2中安装gplots，gdata和gtools的循环依赖项

我正在运行R 3.0.2并试图在Mac OSX 10.9、CentOS 6.4和5.4上安装gplots。但在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdata需要gtools，gtools需要gdata。
因此，如果有人试图单独安装gtools或gdata，它会阻止您

> install.packages("gtools")
also installing the dependency ‘gdata’
...
ERROR: dependency ‘gtools’ is not available for package ‘gdata’
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gtools’

但是，基于CRAN package info，依赖树应该是

gplots --> gdata --> gtools
A --> B: A depends on B

那么有没有解决办法，或者应该向上游报告？
编辑：
我通过修改gtools的源代码安装了它们：

> download.packages("gtools", destdir=".")  # currently 3.2.0

解开（tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz）然后删除文件中的行

# in gtools/DESCRIPTION
Imports: gdata  # <-- remove this line

然后在本地安装

> install.packages("gtools", repos=NULL)
...
file ‘DESCRIPTION’ has the wrong MD5 checksum
...

它应该成功安装，这样就解决了循环依赖性。剩下的都可以在

> install.packages("gplots")

这个解原来是吴世武给出的。

最佳答案

我是gtools的维护者。
实际上，gtools 3.2.0中有一个循环依赖项，我在周六把它推到CRAN上。
克兰已经将gtools回滚到3.1.1（在问题之前），我刚刚将gtools 3.2.1提交给克兰（解决了问题）。
-格雷格

关于linux - 在R 3.0.2中安装gplots，gdata和gtools的循环依赖项，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/21088830/