在 R 中处理系统发育树数据时(特别是在处理“phylo”或“phylo4”对象时)，标准化分支长度会很有用，这样某些分类群(进化得更快的分类群)不会贡献不成比例的分支长度到树。这在计算 UniFrac 值时似乎很常见，可以在此处的讨论中找到: http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp 。 (但是，我需要的不仅仅是 UniFrac 值)。
但是，我找不到执行此标准化步骤的函数。我查看了猿、picante、adephylo 和 phylobase。有人可以将我引导到包含此功能的包，或使编写此类功能变得简单的包吗？
最佳答案
您是否正在寻找一个函数来缩放树的分支长度？如果是这样，ape 中的 compute.brlen() 会做到这一点。 Grafen 的 rho 和 all = 1 有内置选项。您也可以提供自己的函数。
我不知道 UniFrac 是否进行了其他类型的分支长度缩放。但如果是这样，你可以编写你的函数并传递它。
关于r - 在 R 中规范化系统发育树，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/6839266/