我有两个表（它们更大，有200,000行，这只是一个例子）
Table1:temptable
id |Chromosome | Start | End | Reference | Alternative | QUAL | MQ
........................................................................
NULL chr1 12334 12335 A TT 10 20
NULL chr1 12334 12335 C TT 5 3
NULL chr2 123 123 A T 1 2
NULL chr2 34 34 A T 11 60
NULL chr3 12 12 A T 6 NULL
Table2:TableVariants2
id | Chromosome | Start | End | Reference | Alternative
.............................................................
1 chr1 12334 12335 A TT
2 chr1 12334 12335 C TT
3 chr2 123 123 A T
4 chr2 34 34 A T
5 chr3 12 12 A T
我想基于相等的染色体，开始，结束，参考和替代合并它们，并获得：
id |Chromosome | Start | End | Reference | Alternative | QUAL | MQ
........................................................................
1 chr1 12334 12335 A TT 10 20
2 chr1 12334 12335 C TT 5 3
3 chr2 123 123 A T 1 2
4 chr2 34 34 A T 11 60
5 chr3 12 12 A T 6 NULL
我已经尝试了以下方法，但是对于大表来说它太慢了，我需要更快的东西
SELECT B.Maxid, A.Chromosome, A.Start, A.End, A.Reference, A.Alternative , A.QUAL,A.MQ
FROM temptable A
INNER JOIN ( SELECT `Chromosome`, `Start`, `End`, `Reference`,`Alternative`, MAX(id) AS Maxid FROM TableVariants2 GROUP BY `Chromosome`, `Start`, `End`, `Reference`,`Alternative`) B
ON A.Chromosome=B.Chromosome AND A.Start=B.Start AND A.End=B.End AND A.Reference=B.Reference AND A.Alternative=B.Alternative
除了INNER JOIN以外，还有其他选择可以加快查询速度吗？
最佳答案
您可以在编写查询时遵循以下几点：
1. Analyze your data.
2. Make sure you have created necessary indexes.
3. In Select statement write only required column, avoid unnecessary columns.
4. Do not write subquery or co-related query until and unless is required.
让我们看看您是否可以按照以下步骤进行操作。
但是内部联接是基本联接，如果必须联接两个表，则无法替换。
关于mysql - MYSQL:使用BIG TABLES替代INNER JOIN(太慢了)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/54922052/