r - 使用qqmath或dotplot绘制来自lmer(lme4软件包)的随机效果:如何使其看起来精美？

使用来自lmer软件包的输出，qqmath函数可以绘制出巨大的随机效果履带图。也就是说，qqmath擅长绘制层次模型的截距，误差在点估计值附近。以下是lmer和qqmath函数的一个示例，该示例使用lme4软件包中称为Dyestuff的内置数据。该代码将使用ggmath函数生成层次模型和漂亮的图。

library("lme4")
data(package = "lme4")

# Dyestuff
# a balanced one-way classiï¬cation of Yield
# from samples produced from six Batches

summary(Dyestuff)

# Batch is an example of a random effect
# Fit 1-way random effects linear model
fit1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1|Batch), Dyestuff)
summary(fit1)
coef(fit1) #intercept for each level in Batch

# qqplot of the random effects with their variances
qqmath(ranef(fit1, postVar = TRUE), strip = FALSE)$Batch

代码的最后一行生成了每个截距的漂亮图，每个估计值周围都有误差。但是格式化qqmath函数似乎非常困难，而且我一直在努力格式化绘图。我提出了一些我无法回答的问题，我认为如果其他人使用lmer / qqmath组合也可以从中受益:

是否可以采用上面的qqmath函数并添加一些
选项，例如将某些点设为空白或填充为空白，或
不同点的颜色不同？例如，您可以将Batch变量的A，B和C点填充为空白，然后将其余的点填充为空白吗？

是否可以为每个点添加轴标签(也许沿着
例如，y轴的顶部或右侧)？

我的数据接近45个拦截点，因此可以添加
标签之间的间距，以便它们不会彼此碰到？
主要是，我有兴趣区分/标记
图，在ggmath函数中似乎很麻烦/不可能。

到目前为止，在qqmath函数中添加任何其他选项都会产生错误，如果它是标准绘图，我将不会得到错误，所以我很茫然。

另外，如果您觉得有一个更好的软件包/函数可以绘制来自lmer输出的截距，我希望听到它! (例如，您可以使用点图进行1-3点吗？)

编辑:如果可以合理设置格式，我也可以选择替代的点图。我只喜欢ggmath图的外观，所以我从一个问题开始。

最佳答案

一种可能性是使用库ggplot2绘制类似的图形，然后可以调整图的外观。

首先，将ranef对象另存为randoms。然后，截距的差异将保存在对象qq中。

randoms<-ranef(fit1, postVar = TRUE)
qq <- attr(ranef(fit1, postVar = TRUE)[[1]], "postVar")

对象rand.interc仅包含带有级别名称的随机拦截。

rand.interc<-randoms$Batch

所有对象都放在一个数据框中。对于误差间隔，sd.interc计算为方差的平方根的2倍。

df<-data.frame(Intercepts=randoms$Batch[,1],
              sd.interc=2*sqrt(qq[,,1:length(qq)]),
              lev.names=rownames(rand.interc))

如果需要根据值在情节中对截距进行排序，则应重新排序lev.names。如果应按级别名称对拦截进行排序，则可以跳过此行。

df$lev.names<-factor(df$lev.names,levels=df$lev.names[order(df$Intercepts)])

这段代码产生了情节。现在，根据因子水平，点将因shape而不同。

library(ggplot2)
p <- ggplot(df,aes(lev.names,Intercepts,shape=lev.names))

#Added horizontal line at y=0, error bars to points and points with size two
p <- p + geom_hline(yintercept=0) +geom_errorbar(aes(ymin=Intercepts-sd.interc, ymax=Intercepts+sd.interc), width=0,color="black") + geom_point(aes(size=2))

#Removed legends and with scale_shape_manual point shapes set to 1 and 16
p <- p + guides(size=FALSE,shape=FALSE) + scale_shape_manual(values=c(1,1,1,16,16,16))

#Changed appearance of plot (black and white theme) and x and y axis labels
p <- p + theme_bw() + xlab("Levels") + ylab("")

#Final adjustments of plot
p <- p + theme(axis.text.x=element_text(size=rel(1.2)),
               axis.title.x=element_text(size=rel(1.3)),
               axis.text.y=element_text(size=rel(1.2)),
               panel.grid.minor=element_blank(),
               panel.grid.major.x=element_blank())

#To put levels on y axis you just need to use coord_flip()
p <- p+ coord_flip()
print(p)

关于r - 使用qqmath或dotplot绘制来自lmer(lme4软件包)的随机效果:如何使其看起来精美？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题：https://stackoverflow.com/questions/13847936/