我在R. Stack Overflow has a lot of them中找到了许多有关如何绘制维恩图的资源。但是,我仍然无法按照自己的方式绘制图表。以以下代码为例:

library("VennDiagram")

A <- 1:4
B <- 3:6
d <- list(A, B)

vp <- venn.diagram(d, fill = c("white", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp)

r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?-LMLPHP

我希望集合之间的交点为红色。但是,如果我将任何白色更改为红色,则会得到以下信息:
vp_red <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_red)

r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?-LMLPHP

那不是我想要的。我只希望路口是红色的。如果我更改Alpha,这就是我得到的:
vp_alpha <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 0.5, filename = NULL,
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_alpha)

r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?-LMLPHP

现在我的路口有粉红色。这也不是我想要的。我想要的是这样的image from Wikipedia:

r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?-LMLPHP

我怎样才能做到这一点?也许VennDiagram软件包不能做到这一点,而我还需要其他软件包,但是我一直在尝试不同的方法来做到这一点,而我却找不到解决方案。

最佳答案

我将展示两种不同的可能性。在第一个示例中,polyclip::polyclip用于获取交集。在第二个示例中,圆被转换为sp::SpatialPolygons,我们使用rgeos::gIntersection获得了交点。然后,我们重新绘制圆圈并填充相交区域。

使用venn.diagram时得到的对象是

因此,在两种情况下,我们都可以从“vp”中获取相关数据。首先,检查str的结构并列出对象的grobs:

str(vp)
grid.ls()
# GRID.polygon.234
# GRID.polygon.235
# GRID.polygon.236 <~~ these are the empty circles
# GRID.polygon.237 <~~ $ col : chr "black"; $ fill: chr "transparent"
# GRID.text.238 <~~ labels
# GRID.text.239
# GRID.text.240
# GRID.text.241
# GRID.text.242

1. polyclip抓取x和y值,并将其以polyclip所需的格式放置:
A <- list(list(x = as.vector(vp[[3]][[1]]), y = as.vector(vp[[3]][[2]])))
B <- list(list(x = as.vector(vp[[4]][[1]]), y = as.vector(vp[[4]][[2]])))
查找交集:
library(polyclip)
AintB <- polyclip(A, B)
抓斗标签:
ix <- sapply(vp, function(x) grepl("text", x$name, fixed = TRUE))
labs <- do.call(rbind.data.frame, lapply(vp[ix], `[`, c("x", "y", "label")))
绘制它!
plot(c(0, 1), c(0, 1), type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
polygon(A[[1]])
polygon(B[[1]])
polygon(AintB[[1]], col = "red")
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?-LMLPHP

2. SpatialPolygonsgIntersection捕获圆的坐标:
# grab x- and y-values from first circle
x1 <- vp[[3]][["x"]]
y1 <- vp[[3]][["y"]]

# grab x- and y-values from second circle
x2 <- vp[[4]][["x"]]
y2 <- vp[[4]][["y"]]
将点转换为SpatialPolygons并找到它们的交集:
library(sp)
library(rgeos)
p1 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x1, y1))), ID = 1)))
p2 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x2, y2))), ID = 2)))

ip <- gIntersection(p1, p2)
绘制它!
# plot circles
plot(p1, xlim = range(c(x1, x2)), ylim = range(c(y1, y2)))
plot(p2, add = TRUE)

# plot intersection
plot(ip, add = TRUE, col = "red")

# add labels (see above)
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
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我很确定您可以使用grobsgrid包中的剪切函数直接在gridSVG上工作。

关于r - 如何在维恩图中定义相交的颜色?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题:https://stackoverflow.com/questions/43963293/

10-08 21:49