我是Gromacs的新手(通常是蛋白质分析编码,但是对基于python的代码有一定的经验)。我正在尝试将从pyDock接收的.ene文件转换为更具可读性的格式(当前打开
例如,当我尝试使用不同的命令时,gromacs指南会说接受.ene文件(gmx eneconvgmx dump)

gmx eneconv -f project.ene -o converted.edr
gmx dump -e project.ene -om read.mdp
我得到了错误
File 'project.ene' cannot be used by GROMACS because it does not have a recognizable extension.
The following extensions are possible for this option:
  .edr
我已经更新了操作系统并重新安装了gromacs。我的安装正在根据“入门”页面进行。
我也欢迎其他程序打开和读取.ene文件类型的建议。
谢谢!

最佳答案

“ene”是“energy”的缩写,它包含能量,温度,体积等的二进制数据,仅在旧版本的Gromacs中使用。在新版本的Gromacs中,它被包含可移植二进制数据的“edr”文件代替。请参阅“gmx dump -h”,您将发现以下几行:

Options to specify output files:

 -o      [<.edr>]           (fixed.edr)
           Energy file

如果您坚持使用ene文件,则应安装旧版本的Gromacs。

10-08 19:48